使用gromacs模拟蛋白配体体系时，关于配体限制势文件在topol.top的位置问题？

12313 · 发表于 Post on 2024-7-29 16:29:07

本帖最后由 12313 于 2024-7-29 16:31 编辑

各位老师好，我要模拟的体系是蛋白配体复合物体系，配体是多肽小分子，我使用pdb2gmx命令，通过输入配体和受体蛋白的pdb文件，分别产生了各自的gro、itp、top文件。之后我将配体gro文件的内容复制到受体的gro文件并将原子数进行了相加，在受体的topol.top文件中引入限制势文件，如图所示。但是在使用gmx grompp进行添加离子的操作时，出现如图的错误，显示没有Protein_chain_B这个分子类型，请问该如何解决？（图中LPPR.itp是配体的限制文件，posre.itp是受体蛋白的限制文件，chainA是受体蛋白，chainB是多肽配体）

12313 · 发表于 Post on 2024-10-5 09:46:58

wys 发表于 2024-10-4 13:19
你好，我也遇到了这个问题，请问你是怎么解决的呢？

复合物作为一个蛋白整体进行所有操作。不要对受体和配体分别进行gmx pdb2gmx操作

wys · 发表于 Post on 2024-10-4 13:19:11

你好，我也遇到了这个问题，请问你是怎么解决的呢？

12313 · 发表于 Post on 2024-7-29 21:31:22

已解决

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[GROMACS] 使用gromacs模拟蛋白配体体系时，关于配体限制势文件在topol.top的位置问题？

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