初始的二聚体结构对SAPT计算的影响大吗

秋心 · 发表于 Post on 2024-7-29 20:48:44

尊敬的各位老师们，晚上好，我最近在学习计算SA-DMA二聚体之间的弱相互作用（静电，交换，色散，诱导），通过学习sob老师的考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法http://sobereva.com/469，谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？http://sobereva.com/413，使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算http://sobereva.com/526已经知道大致的流程了。学习之后有个疑问，在计算水的二聚体的SAPT能量分解项随距离的变化之前sob老师使用B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP对结构先进行了几何优化，想问一下这个二聚体结构对于SAPT计算的影响大吗？通过跑MD等其他手段获得一个相对合理的二聚体结构可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-11 04:48:09

VanChester 发表于 2024-8-9 22:07
有没有一种可能：不存在最稳定的，只能在几种亚稳定结构反复横跳

可以根据构型变换势垒，以及各种构型的Boltzmann分布判断可能性

VanChester · 发表于 Post on 2024-8-9 22:07:59

sobereva 发表于 2024-7-30 05:53
不同二聚体结构下的相互作用特征、相互作用能往往明显不同，自然无论是SAPT还是sobEDAw等能量分解，得到的 ...

有没有一种可能：不存在最稳定的，只能在几种亚稳定结构反复横跳

秋心 · 发表于 Post on 2024-7-30 09:00:55

sobereva 发表于 2024-7-30 05:53
不同二聚体结构下的相互作用特征、相互作用能往往明显不同，自然无论是SAPT还是sobEDAw等能量分解，得到的 ...

好的，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-30 05:53:22

不同二聚体结构下的相互作用特征、相互作用能往往明显不同，自然无论是SAPT还是sobEDAw等能量分解，得到的结果都可能明显不同。
即便是水二聚体，也有不止一种极小点结构，最稳和亚稳结构能量差很多。一般来说研究的都是最稳定的二聚体结构，应当先用genmer+molclus做二聚体构型搜索，得到最稳定二聚体构型后再做能量分解。看：
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

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