求助怎么把rmsf值映射到结构上

我要吃泡面 · 发表于 Post on 2024-8-1 21:52:00

我现在已经有了rmsf.dat文件，请问后续如何把rmsf值映射到结构上

我要吃泡面 · 发表于 Post on 2024-8-2 11:53:28

谢谢你，我去试试！

student0618 · 发表于 Post on 2024-8-1 22:02:50

本帖最后由 student0618 于 2024-8-1 22:10 编辑

官方提供的一个方法是cpptraj 算rmsf ，存到pdb的bfactor。visualize时例如用bfactor 上色。不过用这方法如果rmsf 加bfactor选项的话单位会和直接算rmsf不同。
详细描述及例子可参考Amber手册，以下连结也有：
https://amberhub.chpc.utah.edu/atomicfluct-rmsf/

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[Amber] 求助怎么把rmsf值映射到结构上

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