在ubuntu20.04上安装MACE以及kokkos版本的Lammps_MACE

r1ck

MACE -快速准确的机器学习原子间势，具有高阶等变消息传递。
本机配置7950X+4090,已安装CUDA11.8、anaconda、MKL库和550.67版本N卡驱动。
MACE软件包的安装：
显卡驱动和CUDA安装可以看论坛上其他帖子或自行Google。
为MACE创建conda环境：

1. conda create mace_env

复制代码

进入MACE的conda环境：

1. conda activate mace_env

复制代码

安装PyTorch：

1. conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.6 -c pytorch -c nvidia

复制代码

安装MACE依赖的库：

1. conda install numpy scipy matplotlib ase opt_einsum prettytable pandas e3nn

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安装MACE：

1. git clone git@github.com:ACEsuit/mace.git
   
2. pip install ./mace

复制代码

安装kokkos版本的Lammps_MACE：
下载lammps和libtorch：

1. git clone --branch=mace --depth=1 https://github.com/ACEsuit/lammps
   
2. wget https://download.pytorch.org/libtorch/cu118/libtorch-shared-with-deps-2.3.0%2Bcu118.zip

复制代码

解压：

1. unzip libtorch-shared-with-deps-2.3.0+cu118.zip
   
2. mv libtorch libtorch-gpu

复制代码

安装（安装前加载下MKL环境变量）：

1. cd lammps
   
2. mkdir build
   
3. cd build
   
4. cmake -D CMAKE_BUILD_TYPE=Release -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=$(pwd) -D CMAKE_CXX_STANDARD=17 -D CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED=ON -D BUILD_MPI=ON -D BUILD_SHARED_LIBS=ON -D PKG_KOKKOS=ON -D Kokkos_ENABLE_CUDA=ON -D CMAKE_CXX_COMPILER=$(pwd)/../lib/kokkos/bin/nvcc_wrapper -D Kokkos_ARCH_AMDAVX=ON -D Kokkos_ARCH_ADA89=ON -D CMAKE_PREFIX_PATH=$(pwd)/../../libtorch-gpu -D PKG_ML-MACE=ON ../cmake
   
5. make -j 32
   
6. make install

复制代码

fangyl

请问楼主，在lammps中使用mace的预训练通用模型以及自己训练的势函数都报这个错（RuntimeError: index 5258 is out of bounds for dimension 0 with size 1680）该调整什么，我的体系是3360个原子，超算管理员安装的是cpu版本1.13的pytorch，下面是我的输入设置，望解答，谢谢

上清

已解决

PixiuZhong

r1ck 发表于 2024-11-13 09:13
可以看下MACE官方文档：https://mace-docs.readthedocs.io/en/latest/examples/tutorials.html。deepmd社 ...

谢谢

r1ck

PixiuZhong 发表于 2024-11-12 21:55
不好意思我发现是我忘记加路径了，已经解决了，请问博主有什么关于mace和分子动力学结合的相关学习教程推 ...

可以看下MACE官方文档：https://mace-docs.readthedocs.io ... ples/tutorials.html。deepmd社区中有一些关于机器学习动力学教程。

PixiuZhong

PixiuZhong 发表于 2024-11-12 21:31
您好，我是个小白，我按照教程安装成功了，make install后 installing了很多东西，没有报错。但是当我按照 ...

不好意思我发现是我忘记加路径了，已经解决了，请问博主有什么关于mace和分子动力学结合的相关学习教程推荐吗

PixiuZhong

您好，我是个小白，我按照教程安装成功了，make install后 installing了很多东西，没有报错。但是当我按照教程去lmp -k on g 1 -sf kk -in in.lammps
时Command 'lmp' not found, but can be installed with:
sudo apt install lammps
请问这是为什么呢，我以为我这一步已经在安装lammps了