如何使用VMD构建出不被周期性边界所影响的SIO2膜？

mtlin

在仿照sob老师的sobtop例子9时：用VMD自带的Extensions - Modeling - Inorganic Builder可以构建二氧化硅晶体结构。本例用的examples\SiO2_3x3x3\SiO2_3x3x3.pdb是通过此工具构造的二氧化硅3*3*3超胞。
构建出来的SIO2会被周期性边界条件所影响,从而以12个原子为一个晶胞，如下图所示

当我想创建一个SIO2膜，并在中间挖一个纳米孔，使用以下命令resname and same resid as (x^2+y^2....)，只能以晶胞为单位进行删除，这样之后得到的孔周围的上表面的O原子数要大于SI原子数，对氨基酸的过孔有一定的影响，而且也没做到为一个圆柱形的孔（没有强制性要求，但多篇文献上都做得到），示意图如下：

我的问题是：这样处理出来的孔是否正确？如果不正确，怎么做？

sobereva

参考相关文献看他们用的什么模型。可以用GaussView手动对孔洞进行恰当修剪。另外你这个孔洞也挖得太小了，尺寸很小注定不可能看上去很圆