想请问各位老师关于寻找酯键水解过渡态的问题

LZN · 发表于 Post on 2024-8-21 10:08:51

想请教一下各位老师这个结构（图1）酯键水解的过渡态的经验，之前没做过类似的结构。我尝试了好几个初始结构（酯键周围放水分子）都找不到我想要的过渡态，很多时候出现SCF不收敛报错，这是我的gjf文件，我先用的半经验法也没有找到过渡态。

mettlyz · 发表于 Post on 2024-9-1 09:07:23

xtb2级别跑出来的
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... f7d87656c6733e780a2
过渡态寻找用这个平台上24核7个小时跑完的，包括TS（负频验证）, IRC, 反应物和产物结构，活化能，反应过程图。酸碱催化下的类似。

https://alphacat.deepchem.cn

注册即送200元机时，xtb2下像上面的结构应该可以算几十个，没有必要自己浪费时间摸索在初始结构中怎么放置反应涉及到的原子，不如把精力放到实验上去

LZN · 发表于 Post on 2024-8-30 11:22:54

751960653 发表于 2024-8-21 18:09
那先查查资料看看不同酸碱下的反应机理，比如碱性下，羟基是进攻哪个原子，形成怎样的四面体结构，这样有 ...

好的谢谢老师解答

751960653 · 发表于 Post on 2024-8-21 18:09:09

LZN 发表于 2024-8-21 15:37
谢谢回答，就是中性、酸性和碱性我都想算一遍

那先查查资料看看不同酸碱下的反应机理，比如碱性下，羟基是进攻哪个原子，形成怎样的四面体结构，这样有利于构建初猜结构，现在gjf中初猜结构构建的不理想。还得考虑碱性酸性条件下隔壁那个酸是否电离，从而设置合理的电荷数。

LZN · 发表于 Post on 2024-8-21 15:37:25

751960653 发表于 2024-8-21 10:39
需要看是酸性还是碱性水解，不一定是水，可能是羟基或水合质子，这个水解过程也可能是分两步的，这里有讨论 ...

谢谢回答，就是中性、酸性和碱性我都想算一遍

wjc404 · 发表于 Post on 2024-8-21 10:40:28

是酸催化还是碱催化？
可能有四面体中间体，不是一步完成的。

751960653 · 发表于 Post on 2024-8-21 10:39:12

需要看是酸性还是碱性水解，不一定是水，可能是羟基或水合质子，这个水解过程也可能是分两步的，这里有讨论http://bbs.keinsci.com/thread-11053-1-1.html
尝试时还可以把这其中的烷基链截短点

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