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[VMD] TCL编写计算蛋白质6A范围内的钙离子,可以运行,但是结果不对

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如题,我用VMD测量距离10埃内的钙,能够得出有6个,但是我用计算得出来的是0,想让各位老师看看是不是我脚本的问题。
脚本如下,谢谢给位老师


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3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-29 22:12:22 | 只看该作者 Only view this author
感谢,已经解决了

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2#
发表于 Post on 2024-8-29 21:48:34 | 只看该作者 Only view this author
你可以试试这个:
set sel [atomselect top "(same residue as all within 10 of protein) and element Ca"]
如果还是0,可以打开VMD检查一下看看VMD有没有识别出来element(输入的PDB文件最后一列为空的时候VMD就识别不了element)。
识别不了element的时候建议用resname或者name来选择Ca,检查一下PDB文件里的Ca的残基名字和原子名字即可。

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