请教ZIF8掺杂Cu2+的结构优化问题

jy1165254033 · 发表于 Post on 2024-9-1 11:33:37

本帖最后由 jy1165254033 于 2024-9-2 11:31 编辑

各位老师好，我想研究ZIF8(Zn2+)掺杂Cu2+后的电子结构。先得到初始结构4元环ZIF8，成功收敛，后续用Cu2+ 取代Zn2+结构收敛失败
关键词# opt freq b3lyp/genecp em=gd3bj 基组6-31g(d)/LANL2DZ 尝试过添加SCF=vshift=500也不行

另外我想问一下文献中图E的电荷转移图以及电子数量是怎么得到的。
原文链接https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adfm.202400523
麻烦各位老师帮忙解答，非常感谢！

艾小野 · 发表于 Post on 2024-9-5 08:44:59

sobereva 发表于 2024-9-4 12:02
没具体输入文件没法判断
都当周期性结构计算了，哪还有悬键的事（除非你就是要计算ZIF-8的表面而非体相 ...

好的，谢谢社长，我先编译popt版试试

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-4 12:02:42

艾小野发表于 2024-9-3 20:04
谢谢sob老师，没想到可以得到sob老师的回复。其实我之前也得到了社长老师的电荷选取指点。实操是，Materi ...

没具体输入文件没法判断
都当周期性结构计算了，哪还有悬键的事（除非你就是要计算ZIF-8的表面而非体相）
1000原子纯泛函计算对于CP2K来说太简单了，也耗不了什么内存

照下文编译，用popt版，不会有什么问题
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
http://sobereva.com/586（http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html）

艾小野 · 发表于 Post on 2024-9-3 20:04:40

sobereva 发表于 2024-9-3 11:33
如果目的是做分子动力学模拟，推荐算REPEAT电荷，看下文的介绍，下文给了产生相应文件的例子
使用Multiw ...

谢谢sob老师，没想到可以得到sob老师的回复。其实我之前也得到了社长老师的电荷选取指点。实操是，Material Studio 构建了3层ZIF-8结构（848个原子，氢原子饱和悬挂键），再用Multiwfn生成cp2k的输入文件来算ZIF周期的REPEAT电荷，但是cp2k运行后报错a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted. 看了公社内其他社员帖子说是内存泄漏，需要换另一个版本的MPI。但我还是怀疑应该是我算的原子太多，我看了楼主帖子是只用了四元环来算，所以想请教对于算周期性结构电荷来说，用的结构层数并不会存在很大影响吗？烦请各位前辈不吝赐教。

jy1165254033 · 发表于 Post on 2024-9-3 11:38:41

sobereva 发表于 2024-9-3 11:35
就是常规的SCF不收敛，看下文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

感谢sob老师！蹲到回复了哈哈哈~我再去学习一下

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-3 11:35:27

jy1165254033 发表于 2024-9-2 11:20
感谢sob老师耐心解答，第一次发帖就有回复有点激动已经上传了输入文件，电荷数是我根据这个帖子中 h ...

就是常规的SCF不收敛，看下文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

带单电子情况和带的净电荷完全是两码事。严重怀疑你的整体的净电荷设的不对

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-3 11:33:36

艾小野发表于 2024-9-2 21:50
您好，我最近想用cp2k来算一下ZIF-8的电荷，看了您回sob老师的帖子有点拿不准，我想问一下您是怎么求ZIF的 ...

如果目的是做分子动力学模拟，推荐算REPEAT电荷，看下文的介绍，下文给了产生相应文件的例子
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）
如果是其它目的，看下文
使用Multiwfn对周期性体系计算Hirshfeld(-I)、CM5和MBIS原子电荷
http://sobereva.com/712（http://bbs.keinsci.com/thread-46269-1-1.html）

以上原子电荷在下文里都有介绍
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）

艾小野 · 发表于 Post on 2024-9-2 21:50:52

您好，我最近想用cp2k来算一下ZIF-8的电荷，看了您回sob老师的帖子有点拿不准，我想问一下您是怎么求ZIF的电荷分布的呢？望您赐教。

jy1165254033 · 发表于 Post on 2024-9-2 11:20:13

sobereva 发表于 2024-9-2 07:35
每次自觉说报错或者上传输入输出文件
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、 ...

感谢sob老师耐心解答，第一次发帖就有回复有点激动

已经上传了输入文件，电荷数是我根据这个帖子中 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=26131 配体2-甲基咪唑配体带单个电子，12个配体，4个二价金属离子，因此设置-4。原始ZIF8我先用的xtb预优化了一下，然后再用gaussian算的，至于后面的Cu2+掺杂结构，我是直接替换了一个Zn2+，后面又算了一个简化结构同样收敛失败，不知道问题出在哪里，烦请老师指点迷津。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-2 07:35:36

每次自觉说报错或者上传输入输出文件
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
另外，这种体系用CP2K优化好得多得多
并且搞清楚净电荷设置对不对

仔细看下文
谈谈怎么考察、计算、分析化学体系的电子密度
http://sobereva.com/715（http://bbs.keinsci.com/thread-46380-1-1.html）

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