截取簇模型时，使用PyMOL与VMD选择配体周围10埃的原子，10埃是以什么为基准的？

wal · 发表于 Post on 2024-9-2 15:47:42

本帖最后由 wal 于 2024-9-2 18:56 编辑

最近在做一个需要先docking后截取簇模型做DFT计算的课题，但是截取簇之后截断边界补氢和冻结太头疼了，于是想让脚本帮我找出截断边界的αC以及未饱和原子。我用的截取簇的命令是
PyMOL：select cluster, (resn UNL or (ligand around 10))
VMD：set cluster [atomselect top “resname UNL or (within 10 of resname UNL)”]
写脚本的时候，我以为10埃是以配体结构的中心点为基准点算的，所以让脚本打印8埃以外的αC，结果发现8埃外几乎涵盖了所有的αC，而最外层的αC离中心点都有14埃了。老师们知道VMD和PyMOL选择半径10埃的原子是以什么为基准的吗？我怕单纯增加脚本阈值不能适应所有情况。

PS: VMD与PyMOL截取出来的簇存似乎在细微差别，PyMOL截取出来的的孤立原子稍少一些，小片段稍多一些，不知道是不是判断标准比VMD宽？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-3 14:07:27

within 10 of resname UNL代表距离UNL残基里任意一个原子小于10埃的原子

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[建模与可视化] 截取簇模型时，使用PyMOL与VMD选择配体周围10埃的原子，10埃是以什么为基准的？