计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 324|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Lammps] lammps在使用reaxff力场模拟开始分子就全散开了

[复制链接 Copy URL]

215

帖子

0

威望

1097

eV
积分
1312

Level 4 (黑子)

本帖最后由 ddddnight 于 2024-9-6 14:52 编辑

老师们好,我在用lammps使用reaxff力场模拟热解过程,模拟开始分子就全散开了,第0帧也就是原始的结构还保持线性结构,第一帧(1000fs)就全部散开了,这是怎么回事呢?
我是这么做的:
1. 首先用gaussview建立有机高分子模型(PP,聚丙烯,64个重复单元),然后用xtb在GFN2-xtb2进行了结构优化
2.将优化后的结构使用packmol建立了100*100*100的立方盒子,填充了40个分子(填充了20/30/15个分子也还会这样散开),保存pdb格式
3.将产生的盒子模型导入到vmd中,通过
mol bondsrecalc top
topo retypebonds
topo guessangles
mol reanalyze top
topo writelammpsdata <filename> charge
命令产生data命令,期间也只尝试topo writelammpsdata <filename> charge命令生成过data文件,分子还是会散开
4.通过产生的data文件,结合lammps中reaxff文件中的关于C、H、O、N、S元素的力场文件,Guo W, Fan K, Guo G, et al. Atomic-scale insight into thermal decomposition behavior of polypropylene: A ReaxFF method[J]. Polymer Degradation and Stability, 2022, 202: 110038.
HE X, CHEN D. ReaxFF MD study on the early stage co-pyrolysis of mixed PE/PP/PS plastic waste[J]. Journal of Fuel Chemistry and Technology, 2022, 50(3): 346-356.
根据这两篇文献中的方法,但是无论是npt还是nvt都会散开,data文件、前面几帧的xyz文件、dump文件已经上传网盘。
通过百度网盘分享的文件:dump-traj-data.zip
链接:https://pan.baidu.com/s/1S9A3CR-GQ4JDfHv3_LTD3w?pwd=alwr
提取码:alwr

    1   0             -2653438.1      0             -2653438.1      45555.708      1000000      
WARNING: Fix qeq/reaxff/kk cg_solve convergence failed after 200 iterations at step 2: (0.0009448834682562179, 0) (src/KOKKOS/fix_qeq_reaxff_kokkos.cpp:818)
WARNING: Fix qeq/reaxff/kk cg_solve convergence failed after 200 iterations at step 3: (0.0004989838657328307, 0.00024252561420354246) (src/KOKKOS/fix_qeq_reaxff_kokkos.cpp:818)
WARNING: Fix qeq/reaxff/kk cg_solve convergence failed after 200 iterations at step 4: (0.001197736134366707, 6.66790795126025e-05) (src/KOKKOS/fix_qeq_reaxff_kokkos.cpp:818)
WARNING: Fix qeq/reaxff/kk cg_solve convergence failed after 200 iterations at step 5: (0.0016731685137087108, 0.0002775626746108487) (src/KOKKOS/fix_qeq_reaxff_kokkos.cpp:818)
WARNING: Fix qeq/reaxff/kk cg_solve convergence failed after 200 iterations at step 6: (0.0007615643931525492, 0.00039965754849295563) (src/KOKKOS/fix_qeq_reaxff_kokkos.cpp:818)
WARNING: Fix qeq/reaxff/kk cg_solve convergence failed after 200 iterations at step 7: (0.002230955291605522, 0.00043335857143533943) (src/KOKKOS/fix_qeq_reaxff_kokkos.cpp:818)
WARNING: Fix qeq/reaxff/kk cg_solve convergence failed after 200 iterations at step 8: (8.147526483379655e-05, 0) (src/KOKKOS/fix_qeq_reaxff_kokkos.cpp:818)
      1000   1799.7224     -2794869.3      0             -2649493.2      1762.6241      1006098.8   
      2000   1556.382      -2790410.8      0             -2664690.9      1787.773       1014611.9   
      3000   1418.5371     -2794696.9      0             -2680111.8      1117.8121      1020575.4   
      4000   1289.7053     -2798883.7      0             -2694705.2      741.89911      1025312.9   
      5000   1199.4079     -2805199.2      0             -2708314.6      655.02696      1029406.6   
      6000   1118.6466     -2810663.9      0             -2720303        987.42722      1032918.8   
      7000   1026.5642     -2814577.9      0             -2731655.1      511.06019      1035792.9   
      8000   960.16552     -2819624        0             -2742064.8      844.24895      1038230.2   
      9000   898.06142     -2824196.5      0             -2751653.8     -12.431105      1040270.9   
     10000   838.72496     -2828253.1      0             -2760503.5      300.23484      1042083.9   
     11000   781.40282     -2831652.7      0             -2768533.4     -17.954562      1043688.9   
     12000   740.21386     -2835721.8      0             -2775929.6      918.37852      1045102.3   
     13000   695.13768     -2838855.6      0             -2782704.4      176.51         1046405.1   
     14000   659.90563     -2842267.3      0             -2788962.1      40.647696      1047615.3   
     15000   625.56836     -2845242.6      0             -2794711.1     -145.57239      1048679.1   
     16000   592.63368     -2847910.7      0             -2800039.6      621.29481      1049616.9   
     17000   566.62083     -2850762        0             -2804992.1     -518.73604      1050502.1   
     18000   537.11887     -2852864.1      0             -2809477.2     -194.56289      1051253.1   
     19000   512.9524      -2855087.8      0             -2813653.1     -392.45229      1051952.9   
     20000   485.45974     -2856715.1      0             -2817501.1     -284.92156      1052551.2   
     21000   466.67518     -2858729.5      0             -2821032.9      341.47235      1053070.9   
     22000   444.46713     -2860212.8      0             -2824310.1      75.07647       1053537      
     23000   426.12225     -2861801.7      0             -2827380.9      590.60469      1053941.2   
     24000   411.59776     -2863439.9      0             -2830192.3     -99.370979      1054307      
     25000   395.3957      -2864756        0             -2832817.1      624.41199      1054614.5   
     26000   383.17163     -2866177        0             -2835225.6      156.63848      1054905      
     27000   365.95519     -2866979.7      0             -2837418.9     -402.77025      1055131.5   
     28000   356.74283     -2868294.9      0             -2839478.3     -13.680582      1055302      
     29000   343.79546     -2869190.9      0             -2841420.1      581.54303      1055425.8   
     30000   333.45303     -2870118        0             -2843182.6      79.722752      1055552.1   
     31000   325.28392     -2871112.1      0             -2844836.6      362.68944      1055654.2   
     32000   315.09877     -2871785.7      0             -2846333        577.2486       1055758.4   
     33000   304.91378     -2872300.9      0             -2847670.9     -104.80897      1055815.3   
     34000   301.68821     -2873310.2      0             -2848940.8      35.654605      1055841      
     35000   291.00447     -2873602.8      0             -2850096.3     -82.906384      1055806.5   
     36000   288.31074     -2874445.5      0             -2851156.6     -559.7815       1055745.6   
     37000   280.6496      -2874735.2      0             -2852065.2      656.01444      1055668.5   
     38000   280.57994     -2875557.6      0             -2852893.2      255.67349      1055573.1   
     39000   275.09416     -2875858.4      0             -2853637.1      375.72877      1055491.2   
     40000   274.59842     -2876427.2      0             -2854246       -41.939107      1055424.3   

这是log文件部分,没有收敛警告也还是会散开,是不是因为这个压力的原因

1帧.png (266.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

1帧.png

0帧.png (284.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

0帧.png

ffield.reax.PP

14.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

in.PPbox1

647 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6

lmp_control

405 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

log.lammps

28.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

packmol.inp

119 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

param.qeq

49 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

1

帖子

0

威望

13

eV
积分
14

Level 1 能力者

2#
发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
啊,楼主解决了没,我也碰到了这个问题

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 01:02 , Processed in 0.209461 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list