SNO 的疑问 (Spin Natural orbital)

laomalao

各位大神，最近在算几个过渡态，存在HAT和PCET的竞争反应，需要寻找一个证据，即HAT中参与反应的氢原子的单占据轨道。我只会用NBO分析spin和charge,但是这个单占据轨道算NBO没有看到。

1为Prof. Shaik的说明，他的文章很多都用了SNO(Spin Natural orbital)，如Chem. Sci.2012,3.1903.。
2为我的一些输入格式。结果中都不能找到这个单占据轨道。。。 3.正常结束，但是 formchk命令产生的fchk文件都出错，大小为0.

   
1. “If you want to get the singly occupied orbital that is responsible for the spin density distribution of the TS, use Gaussian and the keyword SNO (Spin Natural orbital).”





2.
a）
%chk=NBObp-d-ts2-7-freqcsd2.chk
# BMK/def2-tzvp Pop(full,NBORead)
---标题 坐标---
$SNO bndidx plot $end

b）
%chk=NBObp-d-ts2-7-freqcsd2.chk
# BMK/def2-tzvp Pop(spinnatural,NBORead)
---标题 坐标---
$NBO bndidx plot $end



c)
%chk=NBObp-d-ts2-7-freqcsd2.chk
# BMK/def2-tzvp Pop(spinnatural,NBORead)
---标题 坐标---
$SNO bndidx plot $end

Daniel_Arndt

ggdh 发表于 2018-1-7 01:02
你这里弄错了。。。不过时隔1年。可能早就发表了把
用下面的方法保存在wfn中的的才是SNO轨道：
%chk ...

借个楼问一下，Shaik在Chem. Sci.2012,3.1903中提到的用"transforming the corresponding NOs that are
fractionally occupied to singly occupied ones"得到corresponding orbitals是怎么回事啊？在高斯中该如何操作啊？

ggdh

laomalao 发表于 2016-12-30 23:11
非常感谢！ 昨天好好看了下Mulriwfn的几章内容

用以下输入也找到了

你这里弄错了。。。不过时隔1年。可能早就发表了把
用下面的方法保存在wfn中的的才是SNO轨道：
%chk=link.chk
# BMK/def2-tzvp Pop=spinnatural out=wfn
。。。。

link.wfn

SNO：基于自旋密度，本征值大小代表电子数，本征值的正负代表自旋方向，不会出现双占据轨道
你用的方法保存是NO轨道。
NO：基于总密度，本征值大小代表电子数，本征值只有正没有负——失去自旋方向信息，同时有双占据轨道和单占据轨道

laomalao

sobereva 发表于 2016-12-31 00:25
此时“轨道的能量”那个位置是轨道占据数，显然为正值。自然轨道没有轨道能量的概念。

不要说“NBO ...

非常感谢！难怪这个数值都是接近2或者1，对于轨道占据数就对了！！

感谢后面的解释！对于NBO/SNO/ANO/NTO等不同的轨道和他们的位置和如何分析得到等我再好好看看理解

sobereva

laomalao 发表于 2016-12-30 23:11
非常感谢！ 昨天好好看了下Mulriwfn的几章内容

用以下输入也找到了

此时“轨道的能量”那个位置是轨道占据数，显然为正值。自然轨道没有轨道能量的概念。

不要说“NBO得到的fchk”。做不做NBO分析根本不影响chk里的轨道，除非用pop=saveNBO，这样会把NBO轨道存进chk

laomalao

非常感谢！ 昨天好好看了下Mulriwfn的几章内容

用以下输入也找到了
%chk=link.chk
# BMK/def2-tzvp Pop=spinnatural

--Link1--
%chk=link
# Guess=(Save,Only,NaturalOrbitals) Geom=AllCheck ChkBasis

不过找到的轨道图像和NBO得到的fchk文件中的有点不一样了 轨道能量也由之前的负值变成了正值 比较疑惑

sobereva

$SNO不可能有这么写的，你在手册里也查不到

如果你只是要得到整个体系的自旋自然轨道（对自旋密度矩阵对角化得到的自然轨道），用pop=SpinNatural就完了，这跟NBO没半点关系。但这只是输出轨道的占据数和系数矩阵，如果要把轨道转存到chk里从而能够被Multiwfn、gview观看轨道图形，需要额外再多做一步，看Multiwfn手册第四章开头关于把自然轨道转存到chk里的说明。