求助研究PbI2在TiO2界面上的沉积吸附，在CP2K中AIMD过程中分子散架问题

无日白昼 · 发表于 Post on 2024-9-8 18:46:48

各位老师好！我在用CP2K做AIMD模拟的时候发现分子总是出现散架的情况，研究的体系是PbI2在TiO2界面上的沉积吸附，用的NVT系综，但是盒子大小仍然在膨胀。初始结构和500步后的结果放在下面了，有一些PbI2分子的结构散架了，输入文件也放在下面了，不知道是哪里设置的有问题，排查了很多，结构优化也做了，但是找不到问题，求助各位老师！

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-11 11:38:43

无日白昼发表于 2024-9-11 09:22
因为后续我需要根据这个模拟轨迹进行DP训练，不仅需要PbI2与TiO2之间相互作用，体系里还需要PbI2和PbI2， ...

还不如老老实实用CP2K跑，甭折腾DP

无日白昼 · 发表于 Post on 2024-9-11 09:22:25

本帖最后由无日白昼于 2024-9-11 09:23 编辑

sobereva 发表于 2024-9-10 14:15
如果你要模拟PbI2单分子，应当只用一个PbI2。而当前PbI2已经连成一片了，与其说是分子，更像是异质界面

因为后续我需要根据这个模拟轨迹进行DP训练，不仅需要PbI2与TiO2之间相互作用，体系里还需要PbI2和PbI2，所以单个分子是不够的，PbI2分子和PbI2分子间的间隔我初始建模时候都设置了5埃，这样是不行的吗？必须是界面上多个分子的吸附沉积模拟，应该怎么做合适呢？（附件是我参考的文献）

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-10 14:15:20

无日白昼发表于 2024-9-9 09:23
老师，我去看了一下，1.我在ovito里面看了轨迹，发现z方向的的盒子尺寸在递增（500步递增了1埃多），我也 ...

如果你要模拟PbI2单分子，应当只用一个PbI2。而当前PbI2已经连成一片了，与其说是分子，更像是异质界面

无日白昼 · 发表于 Post on 2024-9-9 09:23:17

本帖最后由无日白昼于 2024-9-9 20:00 编辑

sobereva 发表于 2024-9-8 21:08
用NVT时盒子绝对不可能膨胀，肯定是你理解错结果了
EPS_SCF过于宽松，不可接受
TIMECON 25过激了

老师，我去看了一下，1.我在ovito里面看了轨迹，发现z方向的的盒子尺寸在递增（500步递增了1埃多），我也觉得很奇怪，为什么NVT了盒子还变化；发现是ovito的问题，判别盒子尺寸有问题。2.EPS_SCF的值我一开始是参考的一篇也是做tio2界面的文献，已经调整数量级了；3.TIMECON改成了200；4.我看了输出文件，SCF收敛过程都很稳定；5.这句话老师我不太理解，这个结构是我从晶体库里面下载的晶体结构，根据晶体结构里面的PbI2分子的键角画的，不是PbI2分子是什么意思呢？谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-8 21:08:39

用NVT时盒子绝对不可能膨胀，肯定是你理解错结果了
EPS_SCF过于宽松，不可接受
TIMECON 25过激了
注意监控MD过程中SCF收敛情况

当前的结构并不是PbI2分子

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[CP2K] 求助研究PbI2在TiO2界面上的沉积吸附，在CP2K中AIMD过程中分子散架问题

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