CP2K编译求助：openmpi编译后极慢，改用intelmpi后无法通过test且无法运行

熊崪

问题描述：
在VMWare 16 pro虚拟机平台安装了CentOS 8.3.2011系统，更换yum为aliyun，并安装了mkl库。
首先尝试了openmpi编译cp2k-2024.1，在i7-12700k的工作站上编译可正常运行，但在8375C工作站上单核运行可以跑满，然而mpirun -np时就出现了问题：尽管可以运行，但CPU几乎完全罢工，间隔一段时间才会占用率上升一瞬间，计算速度极慢。
于是尝试改用intelmpi编译
首先安装了intel-basekit和intel-hpckit，source过setvars.sh后重新进入终端，
:: oneAPI environment initialized ::
环境初始化没有问题。

而后尝试
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-intelmpi=system --with-plumed=install
make -j 16 ARCH=local VERSION="ssmp sopt psmp popt"
编译报了2个error
make -j 16 ARCH=local VERSION=psmp test无法运行

*************************** Testing started ****************************
[mpiexec@localhost.localdomain] match_arg (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/arg/hydra_arg.c:82): unrecognized argument bind-to
[mpiexec@localhost.localdomain] Similar arguments:
[mpiexec@localhost.localdomain]          n
[mpiexec@localhost.localdomain] HYD_arg_parse_array (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/arg/hydra_arg.c:106): argument matching returned error
[mpiexec@localhost.localdomain] mpiexec_get_parameters (../../../../../src/pm/i_hydra/mpiexec/mpiexec_params.c:1190): error parsing input array
[mpiexec@localhost.localdomain] main (../../../../../src/pm/i_hydra/mpiexec/mpiexec.c:1725): error parsing parameters

Could not parse feature flags.
make[3]: *** [/root/cp2k-2024.1/Makefile:256: test] Error 1
make[2]: *** [/root/cp2k-2024.1/Makefile:151: test] Error 2
make[1]: *** [/root/cp2k-2024.1/Makefile:135: popt] Error 2
make: *** [Makefile:123: test] Error 2
[root@localhost cp2k-2024.1]# make -j1 16 ARCH=local VERSION=popt test
Discovering programs ...
Makefile:134: warning: overriding recipe for target 'popt'
Makefile:128: warning: ignoring old recipe for target 'popt'
make: *** No rule to make target '16'.  Stop.

测试ssmp可以运行，但有大量RUNTIME FAIL，跑了1000多个就因为fail超过50个退出了。
------------------------------- Timings --------------------------------
Plot: name="timings", title="Timing Distribution", ylabel="time 【s】"
PlotPoint: name="100th_percentile", plot="timings", label="100th %ile", y=23.71, yerr=0.0
PlotPoint: name="99th_percentile", plot="timings", label="99th %ile", y=11.26, yerr=0.0
PlotPoint: name="98th_percentile", plot="timings", label="98th %ile", y=9.74, yerr=0.0
PlotPoint: name="95th_percentile", plot="timings", label="95th %ile", y=8.10, yerr=0.0
PlotPoint: name="90th_percentile", plot="timings", label="90th %ile", y=6.68, yerr=0.0
PlotPoint: name="80th_percentile", plot="timings", label="80th %ile", y=5.11, yerr=0.0

----------------------------- Slow Tests -------------------------------
Duration threshold (2x 95th %ile): 16.21 sec
Found 0 slow tests (2 suppressed):

------------------------------- Summary --------------------------------
Number of FAILED  tests 52
Number of WRONG   tests 0
Number of CORRECT tests 1016
Total number of   tests 1068

Summary: correct: 1016 / 1068; failed: 52; 8min
Status: FAILED

所有fail都是
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
libpthread-2.28.s  00007FCC86CB7B20  Unknown               Unknown  Unknown
cp2k.ssmp          0000000003123A61  pw_methods_mp_pw_        2581  pw_methods.F
cp2k.ssmp          000000000312A85E  pw_poisson_method         306  pw_poisson_methods.F
cp2k.ssmp          00000000011F1161  qs_ks_methods_mp_         406  qs_ks_methods.F
cp2k.ssmp          00000000011EFC0A  qs_ks_methods_mp_        1215  qs_ks_methods.F
cp2k.ssmp          00000000011EF4F8  qs_ks_methods_mp_        1111  qs_ks_methods.F
cp2k.ssmp          00000000013AAF71  qs_scf_mp_init_sc         813  qs_scf.F
cp2k.ssmp          00000000013A5250  qs_scf_mp_scf_env         457  qs_scf.F
cp2k.ssmp          000000000139ADA4  qs_scf_mp_scf_            247  qs_scf.F
cp2k.ssmp          00000000010D8739  qs_energy_mp_qs_e         112  qs_energy.F
cp2k.ssmp          000000000110E003  qs_force_mp_qs_fo         200  qs_force.F
cp2k.ssmp          0000000000B62A59  force_env_methods         255  force_env_methods.F
cp2k.ssmp          0000000000545C40  cp_eval_at_               142  gopt_f77_methods.F
cp2k.ssmp          0000000000663EEC  bfgs_optimizer_mp         286  bfgs_optimizer.F
cp2k.ssmp          000000000054443F  geo_opt_mp_cp_geo          90  geo_opt.F
cp2k.ssmp          0000000000456029  cp2k_runs_mp_cp2k         369  cp2k_runs.F
cp2k.ssmp          0000000000454A54  cp2k_runs_mp_run_         983  cp2k_runs.F
cp2k.ssmp          0000000000452F95  MAIN__                    379  cp2k.F
cp2k.ssmp          000000000045118D  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.28.so       00007FCC7FD367B3  __libc_start_main     Unknown  Unknown
cp2k.ssmp          00000000004510AE  Unknown               Unknown  Unknown

实际运行时也是报同样的错误、
这一问题在12700k和8375C上相同。

求各位大佬解惑。

logzzz

intelmpi，不行。用mpich.

ultramanm87

我以前在新机子上装cp2k遇到过ssmp能编译但是popt不行时解决的办法是：检查更新系统自带的各种编译器以及必要的其他环境。Centos自带的编译环境可能比较老，你确认下是不是这个问题吧