editconf设置了不同的矩形盒子的长宽高，但是最终生成的盒子是一样的

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-9-29 10:22:07

本帖最后由 Willow0114 于 2024-9-29 10:25 编辑

如题所示，我通过editconf里的-box 命令设置X Y Z的盒子长度，但是最终生成的盒子是一样的，这是为什么呢？

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-9-29 11:46:10

Dempey 发表于 2024-9-29 11:26
是的，你可以先-d看看盒子大小，再使用-box精确调控你想要的盒子大小

好的，非常感谢

Dempey · 发表于 Post on 2024-9-29 11:26:28

是的，你可以先-d看看盒子大小，再使用-box精确调控你想要的盒子大小

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-9-29 10:43:10

你好，如果不写-d 那这个溶质和盒子边缘之间的距离，就需要靠自己来判断吗，或者说需要主动把盒子设置的大一些，确保溶质和盒子边缘之间有一定距离

Dempey · 发表于 Post on 2024-9-29 10:36:48

-d不要和-box同时用，-d是体系原子与盒子边界的距离，-box是盒子的大小，这俩设置冲突，在使用-d或-box时默认会将体系平移到中心,-c也不必写

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[GROMACS] editconf设置了不同的矩形盒子的长宽高，但是最终生成的盒子是一样的