关于浮动电荷双热浴的问题

退休老干部

就是我最近想要把CHARMM fluctuating charge模型（CHARMM-FQ）移植到其他软件上 charmm fq for protein 1.pdf (275.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2024-10-3 10:51 上传 Uploaded

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charmm fq for protein 2.pdf (424.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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，原理上它是把电荷当做一个自由度，利用双nose hoover对电荷和原子分别进行热浴，我在测试中发现，体系的平动温度过高，但是原子和电荷的表观温度依然可以分别保持在设定的300K和1K，如图1所示


体系的RMSD与CHARMM跑出来的相比过于稳定了，感觉蛋白质好像被过度冷却了

最近搜索文献发现，有人报道过双nose-hoover热浴会出现动能分配不均 son-et-al-2019-proper-thermal-equilibration-of-simulations-with-drude-polarizabl.pdf (1.15 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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，导致体系的平动能过高的问题。感觉我的问题和文献报道的很相似，虽然它说的是Drude模型，但和CHARMM-FQ原理本质上是一样的，但是不知道CHARMM为什么可以做到RMSD可以正常波动呢，不知道它做了什么修正，CHARMM代码有点看不懂，想请教一下各位大佬！