求助，进行ecd计算时，在atb获得文件进行gromacs运算时出现错误，怎么改正

王梅砸

Program:     gmx mdrun, version 2018.8
Source file: src\gromacs\options\options.cpp (line 189)
Function:    void __cdecl gmx::internal::OptionSectionImpl::finish(void)

Error in user input:
Invalid input values
  In option s
    Required option was not provided, and the default file 'topol' does not
    exist or is not accessible.
    The following extensions were tried to complete the file name:
      .tpr

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

student0618

王梅砸 发表于 2024-10-12 22:59
这是top文件，itp是在ATB网站上下载的
#include "gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp"
#include "gromos ...

grompp报错写了什么？既然是grompp出问题，只贴mdrun报错无法找出问题的。

王梅砸

student0618 发表于 2024-10-12 22:55
grompp报错是什么？一楼是mdrun的报错。可以的话建议提供输入文件如 top 或itp，不然很难找出问题出在哪 ...

这是top文件，itp是在ATB网站上下载的
#include "gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp"
#include "gromos54a7_atb.ff/8VSC.itp"

[ system ]
1*8VSC

[ molecules ]
8VSC 1

student0618

王梅砸 发表于 2024-10-12 22:35
在grompp就出现问题了
gmx insert-molecules -box 3 3 3 -ci 8VSC.pdb -o 8VSC_box.gro -nmol 1
gmx ed ...

grompp报错是什么？一楼是mdrun的报错。可以的话建议提供输入文件如 top 或itp，不然很难找出问题出在哪。

王梅砸

student0618 发表于 2024-10-12 22:18
用了什么命令？

在grompp就出现问题了
gmx insert-molecules -box 3 3 3 -ci 8VSC.pdb -o 8VSC_box.gro -nmol 1
gmx editconf -f 8VSC_box.gro -o 8VSC_box2.gro -d 2
gmx grompp -f md.mdp -c 8VSC_box2.gro -p topol.top -o md1.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md1

student0618

用了什么命令？