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[GROMACS] 请问模拟过程中盒子变形被压扁该怎么解决

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做双层膜,前50ns想用退火的方法稳定体系,这一块没问题体系整体没有变化,再用最后的温度续跑30ns出现了如图盒子变形的情况,请问该如何解决

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80ns

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发表于 Post on 2024-10-20 10:05:25 | 只看该作者 Only view this author
cuicuishark 发表于 2024-10-17 14:36
老师我是用这两行进行续跑的,您能帮我看一下是否正确吗,谢谢老师
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正确
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-17 14:36:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-17 12:15
既然之前都没问题,大概率续跑方式不对

老师我是用这两行进行续跑的,您能帮我看一下是否正确吗,谢谢老师
gmx convert-tpr -s md.tpr -extend 30000 -o md2.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md2 -cpi md.cpt -noappend

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发表于 Post on 2024-10-17 12:15:39 | 只看该作者 Only view this author
既然之前都没问题,大概率续跑方式不对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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GMT+8, 2024-11-27 07:00 , Processed in 0.239862 second(s), 25 queries , Gzip On.

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