计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 713|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 用受体蛋白做完基本模拟后如何加小分子配体继续进行

[复制链接 Copy URL]

53

帖子

0

威望

573

eV
积分
626

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师好,我用蛋白加膜做完了从加氢做到了模拟流程,现在就是再此基础上加上小分子来进行模拟,也用sobtop 和Multiwfn做了小分子的itp等文件,小分子配体也与蛋白加膜的复合物pdb对齐加入pdb中,现在就只要蛋白质加膜形成的top加入小分子信息就可以吗?但是我的这个top文件小分子信息要加到哪里?对应的gro要不要改呢?如果都做好了是从加氢开始吗?如果不是是从哪一步开始呢?我把我的蛋白和膜的top发到下面,请各位老师批评指正

top.zip

173.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125131

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-10-20 20:34:18 | 只看该作者 Only view this author
王肖索 发表于 2024-10-20 19:33
好的谢谢sob 老师我做完之后是从头(加氢)开始吗?因为没加配体之前我从头已经做到了模拟,得到了相关的 ...

不用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

53

帖子

0

威望

573

eV
积分
626

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-20 19:33:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-20 14:38
小分子的[moleculetype]插到[system]前面就可以
gro里各个分子的出现顺序、数目必须和[molecules]里的分子 ...

好的谢谢sob 老师我做完之后是从头(加氢)开始吗?因为没加配体之前我从头已经做到了模拟,得到了相关的文件了,还要不要从头开始做一遍呢,第一次做不了解

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125131

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-10-20 14:38:26 | 只看该作者 Only view this author
小分子的[moleculetype]插到[system]前面就可以
gro里各个分子的出现顺序、数目必须和[molecules]里的分子顺序一致,为满足此条件该怎么改怎么改
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 07:31 , Processed in 0.168098 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list