用受体蛋白做完基本模拟后如何加小分子配体继续进行

王肖索 · 发表于 Post on 2024-10-19 10:35:34

各位老师好，我用蛋白加膜做完了从加氢做到了模拟流程，现在就是再此基础上加上小分子来进行模拟，也用sobtop 和Multiwfn做了小分子的itp等文件，小分子配体也与蛋白加膜的复合物pdb对齐加入pdb中，现在就只要蛋白质加膜形成的top加入小分子信息就可以吗？但是我的这个top文件小分子信息要加到哪里？对应的gro要不要改呢？如果都做好了是从加氢开始吗？如果不是是从哪一步开始呢？我把我的蛋白和膜的top发到下面，请各位老师批评指正

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-20 20:34:18

王肖索发表于 2024-10-20 19:33
好的谢谢sob 老师我做完之后是从头（加氢）开始吗？因为没加配体之前我从头已经做到了模拟，得到了相关的 ...

不用

王肖索 · 发表于 Post on 2024-10-20 19:33:12

sobereva 发表于 2024-10-20 14:38
小分子的[moleculetype]插到[system]前面就可以
gro里各个分子的出现顺序、数目必须和[molecules]里的分子 ...

好的谢谢sob 老师我做完之后是从头（加氢）开始吗？因为没加配体之前我从头已经做到了模拟，得到了相关的文件了，还要不要从头开始做一遍呢，第一次做不了解

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-20 14:38:26

小分子的[moleculetype]插到[system]前面就可以
gro里各个分子的出现顺序、数目必须和[molecules]里的分子顺序一致，为满足此条件该怎么改怎么改

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