求助：含200个分子的体系跑完模拟后gro文件中显示为1个大分子

wyd21 · 发表于 Post on 2024-10-21 11:37:37

本帖最后由 wyd21 于 2024-10-21 11:45 编辑

各位老师好，我的gro输入文件中含有200个名为GDF的分子：

但在跑完模拟后，gro文件中的200个分子变成了一整个分子，下图是进行能量最小化之后的gro文件：

我输入的命令是：
gmx grompp -f em.mdp -c 220627-GDF-0024.gro -p 220627-GDF-0024.top -o em.tpr -maxwarn 2
gmx mdrun -ntmpi 1 -ntomp 16 -deffnm em
想问一下各位老师这是什么原因造成的。此外如果我想继续跑FEP模拟，我还能通过gmx make_ndx给分子进行分组，将其中的1个分子单独分为一组吗？

wyd21 · 发表于 Post on 2024-10-22 09:23:14

已解决，gro文件问题是版本bug，用2020年初的版本就行了。

wyd21 · 发表于 Post on 2024-10-22 09:22:22

sobereva 发表于 2024-10-22 00:58
自行把残基号的列用ultraedit复制一次就完了

就算不改回去，make_ndx里直接输入原子序号照样能选择相应 ...

好的老师，之前没想到用ultraedit

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-22 00:58:15

自行把残基号的列用ultraedit复制一次就完了

就算不改回去，make_ndx里直接输入原子序号照样能选择相应的分子

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[GROMACS] 求助：含200个分子的体系跑完模拟后gro文件中显示为1个大分子