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[GROMACS] 求助计算表面活性剂的界面形成能时报错

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大家好,我做表面活性剂在油水界面上的分子动力学模拟。我的体系是油水油模型,我想算界面形成能IFE,需要算一个表面活性剂在真空中的能量Esurfactant,但是算这个的时候会报错。
我先用Packmol构建模拟盒子,里面只放一个表面活性剂,但是出来的模型是表面活性剂在盒子外面,如下图1。然后我就用editconf直接在GROMACS定义盒子,这次表活在盒子里,如下图2。
然后做了能量最小化和nvt模拟,接着跑md,但是md跑到一半就会报错,报错如下图3。
附上我的em、nvt和md的mdp文件。
后来我又按照科音培训班课件讲的真空模型得把md.mdp文件里所有关于压力的设定删掉,然后用了培训班卢老师给的em.mdp文件(把integrator =cg改成steep,因为我们实验室的显卡不支持双精度),跑了以后还是同样的报错。

想请教一下各位大佬这个报错是因为什么啊?

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图1

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图2

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图3

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nvt.mdp

nvt.mdp

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md.mdp

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em.mdp

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发表于 Post on 2024-10-23 14:36:25 | 只看该作者 Only view this author
选择cg还是steep,跟双精度没关系。并且没有市售的GPU只支持单精度,只不过是双精度性能的强弱问题

你贴的mdp根本就不是我课上给的

没事别自己改fourierspacing,我课上提供的mdp从来没有自定义这个的

培训里明确说了,体系里有真空区时别用dispcorr

nvt.mdp总共才50000步,报错截图根本就不对应这个模拟


拓扑文件也不提供,没法判断更多信息
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