求助金属原子FE在PDB中显示F

陈丢丢 · 发表于 Post on 2024-10-22 19:25:24

prmtop文件里面ATOM_NAME和AMBER_ATOM_TYPE分别显示FE和fe，为什么通过ambpdb将prmtop和inpcrd合并成pdb文件，pdb文件里面FE就显示成了F？这个只是识别问题，我直接在pdb上把原子类型改回来就可以？拿这个prmtop和inpcrd去跑MD正确嘛？

陈丢丢 · 发表于 Post on 2024-10-23 08:49:10

student0618 发表于 2024-10-22 21:45
担心的话可以对比一下力场中的atom name 和参数哦。

您好，不知道您说的这个对比力场中的参数是否就是我用tleap建top文件和坐标文件的力场文件里面的参数，那个frcmod文件里面MASS写的是铁

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-22 21:45:16

担心的话可以对比一下力场中的atom name 和参数哦。

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[Amber] 求助 金属原子FE在PDB中显示F