求助-计算葡萄糖在石墨烯表面的结合自由能选择什么软件模拟合适

lemon1044 · 发表于 Post on 2024-10-23 00:08:56

我想首先，模拟葡萄糖在石墨烯表面如何吸附，然后在计算其吸附自由能，请问NAMD和gromacs哪个比较合适，抑或者QE更合适

lemon1044 · 发表于 Post on 2024-10-23 20:51:33

sobereva 发表于 2024-10-23 12:13
CP2K基于DFT（如PBE-D3(BJ)）做最合适，又免费又巨快，结合Multiwfn创建输入文件又很容易上手和使用。北京 ...

ok，谢谢你，我再去下载一个CP2K

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-23 12:13:44

CP2K基于DFT（如PBE-D3(BJ)）做最合适，又免费又巨快，结合Multiwfn创建输入文件又很容易上手和使用。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里专门讲了表面体系的计算、自由能的热力学量的计算
QE太慢

GROMACS等基于力场的程序也可以用，但是精度明显不及DFT，而且还牵扯创建拓扑文件的麻烦过程。

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[综合交流] 求助-计算葡萄糖在石墨烯表面的结合自由能选择什么软件模拟合适