如何根据自由能形貌图提取能量最低、最稳定的构象？

12313 · 发表于 Post on 2024-10-25 15:06:19

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，模拟轨迹时长为50ns，我根据RMSD值、Rg值通过gmx sham 命令绘制了自由能形貌图，之后根据shamlog.log和b index.ndx文件寻找能量最低点，发现能量最低状态对应的帧数非常多，想问一下各位老师这种情况，该怎么找到复合物能量最低、构象最稳定所对应的帧数？

12313 · 发表于 Post on 2024-10-26 12:44:09

sobereva 发表于 2024-10-26 00:00
origin绘制散点图时直接就能把散点对应的序号显示出来

请问sob老师，绘制散点图用的是哪个数据文件呀？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-26 00:00:38

origin绘制散点图时直接就能把散点对应的序号显示出来

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