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[GROMACS] 求助:gromacs grompp生成ions.tpr时报错"No default Proper Dih. types"?

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楼主
老师好!

我用gromacs模拟2个蛋白和2个小分子的体系,使用CHARMM36-jul2022力场,给蛋白N端加NH2端基。加离子时使用gmx grompp -f ions.mdp -c all_new_water.pdb -p topol.top -o ions.tpr指令获得ions.tpr。

但是输入报错如下:

ERROR 1 [file topol_Protein_chain_A.itp, line 58911]:
  No default Proper Dih. types


我看了报错的二面角是1个蛋白质中1号苯丙氨酸和2号脯氨酸之间的二面角。


我又试了给蛋白N端加NH3端基,再运行上面指令,没有报错。


请问这是因为苯丙氨酸的N端端基不能用NH2吗?         蛋白的itp、总top和力场文件上传到附件。

topol.top

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ffbonded.zip

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topol_Protein_chain_A.zip

261.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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