求助gaussian16计算配体esp时坐标发生改变

rainppccino · 发表于 Post on 2024-11-8 22:29:24

大家好，我用gaussian16计算配体的esp，输出文件中配体的坐标与输入坐标有较大差别，我后续在amber中进行动力学模拟时这个坐标差距导致了比较大的差别，请问有没有用gaussian只计算esp而不使配体的坐标发生大的改变的办法？感谢！

rainppccino · 发表于 Post on 2024-11-9 19:05:05

sobereva 发表于 2024-11-9 18:10
确保gview里看到的形式键级正确，再保存mol2用于后面的事

明白了，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 18:10:00

rainppccino 发表于 2024-11-9 14:31
解决了，非常感谢sob老师！我还有一个疑问想请教，我用antechamber处理gaussian的输出log文件，生成mol2 ...

确保gview里看到的形式键级正确，再保存mol2用于后面的事

rainppccino · 发表于 Post on 2024-11-9 14:31:10

sobereva 发表于 2024-11-9 00:47
加上nosymm，看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.kein ...

解决了，非常感谢sob老师！我还有一个疑问想请教，我用antechamber处理gaussian的输出log文件，生成mol2文件。接下来想要生成perp文件时发现mol2文件中一个O、C双键被识别成了单键导致报错，在gaussianView里能发现确实是双键，将mol2文件中的单键改为双键后后续能正常运行，我的疑问是我的这个改动是合理的吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 00:47:06

加上nosymm，看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

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