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[CASTEP/Dmol3/MS] 超算平台上传MS输入文件计算失败求助

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本帖最后由 zyd 于 2024-11-10 21:31 编辑

各位老师好。我想请教一下超算提交MS输入文件的一点问题(传统的gateway方法一直连接不上电脑)现在第一次用命令行提交也出现了问题,已经困扰我我两天了,夜不能寐。我把整个过程摆出来,希望大家看一下指点一下我。首先是我设置好了参数对输出文件进行了导出-然后上传到服务器计算-提交完马上就结束生成的.out文件是空文件。.log文件出现如下的提示“not keeping all the check files”。我咨询过超算平台的工程师人家说是输入文件地问题,但也不知道具体的问题。所以我想请教一下大家。非常感谢。这两天我都瘦了


202411102131008127..png (22.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

图3

图3

202411102130542712..png (17.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

图2

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202411102130465778..png (33.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

图1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-16 15:48:04 | 只看该作者 Only view this author
zhex 发表于 2025-9-30 10:24
/public/home/ac5jb9grtb/apprepo/materials_studio/2023-linux/app/MaterialsStudio23.1/etc/CASTEP/bin ...

我也是让人家超算管理员解决的(我也是曙光),这个不加.xsd没问题,可以正常运行的。但是我感觉下来就不像网关那样方便。但是有时候经常连不上,要刷新半天才行,不知道别的平台是不是也会这样

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发表于 Post on 2025-9-30 10:24:39 | 只看该作者 Only view this author
zyd 发表于 2024-11-30 21:26
#!/bin/bash
#SBATCH -J MS_CASTEP
#SBATCH -p kshctest          #队列名

/public/home/ac5jb9grtb/apprepo/materials_studio/2023-linux/app/MaterialsStudio23.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 32 1-opt
老师,这个1-opt后面不用加.xsd吗 我的脚本文件也有点问题,您能不能帮我也看看
/home/opt/BIOVIA/MaterialsStudio17.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np $NP Cu
我加.xsd日志就会报没有找到Cu.xsd.param,不加xsd的话就只有一行Run Castep: with seedname = Cu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-29 20:51:24 | 只看该作者 Only view this author
Dreamcometure 发表于 2024-12-4 19:20
可以介绍一下超算平台吗,自己电脑算的太慢了,感谢你

我也是新手,用的曙光智算。也是听别进介绍的

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发表于 Post on 2024-12-4 19:20:18 | 只看该作者 Only view this author
可以介绍一下超算平台吗,自己电脑算的太慢了,感谢你

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-30 21:26:49 | 只看该作者 Only view this author
hxd_yi 发表于 2024-11-12 11:39
提交命令是什么?把material_studio.slurm文件上传一下。

#!/bin/bash
#SBATCH -J MS_CASTEP
#SBATCH -p kshctest          #队列名
#SBATCH -N 1                 #使用计算节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=32 #单节点使用核心数

source /public/home/ac5jb9grtb/apprepo/materials_studio/2023-linux/scripts/env.sh


/public/home/ac5jb9grtb/apprepo/materials_studio/2023-linux/app/MaterialsStudio23.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 32 1-opt


这是脚本文件,我知道哪里的问题了,就是输入名称那里(1-opt4这里的原因)

非常感谢您的帮助

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发表于 Post on 2024-11-12 11:39:23 | 只看该作者 Only view this author
提交命令是什么?把material_studio.slurm文件上传一下。

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