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[NWChem] NWChem的编译方法

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NWChem的编译方法
Compilation method of NWChem

文/Sobereva @北京科音
First release:2014-Dec-22   Last update:2020-May-6


本文介绍编译NWChem 7.0的最简单的方法。笔者的操作系统是CentOS 7.4 64bit,用户是root。编译器用的gfortran。官方也有编译说明,见https://github.com/nwchemgit/nwchem/wiki/Compiling-NWChem,但里面的内容比较混乱。

编译OpenMPI库:
http://www.open-mpi.org下载OpenMPI 3.1.3(实测用4.0.3版也行),解压到/sob目录下,进入其目录,运行
./configure prefix=/sob/openmpi313
make all install -j
此时OpenMPI的可执行文件、库文件、头文件等就被装到了/sob/openmpi313里面的对应目录下。然后可以把OpenMPI解压的目录删掉。

在~/.bashrc中加入
export PATH=$PATH:/sob/openmpi313/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi313/lib
保存后,输入bash命令使以上环境变量生效。

运行以下命令设置环境变量
export NWCHEM_TOP=/sob/nwchem7
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES=all
export USE_MPI=y
export USE_MPIF=y
export USE_MPIF4=y
export USE_INTERNALBLAS=y
注:根据反复实测,至少对于用OpenMPI的情况,只需要设置以上内容就够了,如果设置了某些其它环境变量,反倒可能编译不成功,尤其是不建议自己设LIBMPI环境变量。

注:NWChem为了节约编译时间,许多不常用的模块默认是不编译的。如果你想编译它们,使用以下命令定义额外的环境变量,需要哪些就执行哪些
export MRCC_METHODS=y:编译多参考耦合簇代码
export CCSDTQ=y:编译TCE模块的CCSDTQ和EOM-CCSDTQ代码
export CCSDTLR=y:编译TCE模块的线性响应CCSDT、CCSDTQ代码,用于解析地算静态/动态极化率
export IPCCSD=y:编译TCE模块的IP-EOM-CCSD代码用于算电离能
export EACCSD=y:编译TCE模块的EA-EOM-CCSD代码用于算电子亲和能

把nwchem7.0压缩包解压到/sob/nwchem7,运行
cd /sob/nwchem7/src
make nwchem_config
make -j
这里用-j是为了并行编译,此时在笔者的Intel 36核机子下11分钟就编译完毕了(没有编译那些不常用的模块),不用-j的话会慢得多。但如果编译出现异常,去掉-j再试。

编译完成后可执行文件生成在了/sob/nwchem7/bin/LINUX64目录下。把下面的语句加入到~/.bashrc的末尾:
export PATH=$PATH:/sob/nwchem7/bin/LINUX64
保存后,输入bash命令使此环境变量生效。

现在进行测试。将以下内容写进test.nw:
title "Nitrogen cc-pvtz SCF geometry optimization"
geometry
n 0 0 0
n 0 0 1.08
end
basis
n library cc-pvtz
end
task scf optimize

然后运行nwchem test.nw查看输出是否正常。也运行mpirun -np 4 nwchem test.nw查看并行执行的输出是否正常,-np后面是调用的核数。


以下内容是老版本的情况,最后更新于2017-Apr-13



本文有两部分,第一部分是NWChem 6.6在Redhat Enterprise 6 Update 1 64bit下的安装,第二部分是NWChem 6.6在CentOS 7.2 64bit下的安装。后者过程更简单。编译器用的gfortran,用ifort也可以,但实测编译出的nwchem运行速度并不会更快,而且在编译耗时长得多,特别是CCSDTQ部分耗时极长,10个小时都编译不完。

编译条件:root, bash。将安装到/sob/nwchem-6.6。

本文的编译方法对nwchem 6.8经测试也完全适用,但是编译时必须能联网,因为会自动下载GlobalArray包。



===== NWChem 6.6 + Redhat Enterprise 6 Update 1 64bit ======


编译openmpi:
http://www.open-mpi.org下载OpenMPI 1.6.5(更新的版本大抵也可以,笔者没测试),解压到/sob目录下,进入其目录,运行
./configure prefix=/sob/openmpi165
make all install -j
此时openmpi的可执行文件、库文件、头文件等就被装到了/sob/openmpi165里面的对应目录下。然后可以把OpenMPI解压的目录删掉。

在~/.bashrc中加入
export PATH=$PATH:/sob/openmpi165/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi165/lib
输入bash使环境变量生效。

运行以下命令设置环境变量
export NWCHEM_TOP=/sob/nwchem-6.6
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES=all
export USE_MPI=y
export USE_MPIF=y
export USE_MPIF4=y
export USE_INTERNALBLAS=y
export MPI_LOC=/sob/openmpi165
export MPI_LIB=/sob/openmpi165/lib
export MPI_INCLUDE=/sob/openmpi165/include
export LIBMPI="-lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -ldl -Wl,--export-dynamic -lnsl -lutil"

NWChem为了节约编译时间,许多不常用的模块默认是不编译的。如果你想编译它们,使用以下命令定义额外的环境变量,需要哪些就执行哪些
export MRCC_METHODS=y:编译多参考耦合簇代码
export CCSDTQ=y:编译TCE模块的CCSDTQ和EOM-CCSDTQ代码
export CCSDTLR=y:编译TCE模块的线性响应CCSDT、CCSDTQ代码,用于解析地算静态/动态极化率
export IPCCSD=y:编译TCE模块的IP-EOM-CCSD代码用于算电离能
export EACCSD=y:编译TCE模块的EA-EOM-CCSD代码用于算电子亲和能

把nwchem6.6压缩包解压到/sob/nwchem-6.6,运行
cd /sob/nwchem-6.6/src
make nwchem_config
make
可执行文件生成在了/sob/nwchem-6.6/bin/LINUX64目录下。把下面的语句加入到~/.bashrc的末尾:
export PATH=$PATH:/sob/nwchem-6.6/bin/LINUX64

笔者在Intel i7-2630QM四核机子上花一刻钟编译完毕。如果把上述全部额外的功能都编译的话,耗时约一个小时。make时不需要写-j,而且写不写都会自动用双线程编译。

现在测试。将以下内容写进test.nw:
title "Nitrogen cc-pvtz SCF geometry optimization"
geometry
n 0 0 0
n 0 0 1.08
end
basis
n library cc-pvtz
end
task scf optimize

然后运行nwchem test.nw查看输出是否正常。也运行mpirun -np 4 nwchem test.nw查看并行执行的输出是否正常。-np后面是调用的核数。


===== NWChem 6.6 + CentOS 7.2 64bit ======


运行以下命令添加EPEL源和安装openMPI(机子需要能联外网)
yum install epel-release
yum install openmpi-devel openmpi

将以下内容复制到命令行窗口设置环境变量
export NWCHEM_TOP=/sob/nwchem-6.6
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES=all
export USE_MPI=y
export USE_INTERNALBLAS=y
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib/
export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin/
若要编译NWChem额外的功能,需要额外设定的环境变量和上文提到的一致。

把nwchem6.6压缩包解压到/sob/nwchem-6.6,运行
cd /sob/nwchem-6.6/src
make nwchem_config
make
可执行文件生成在了/sob/nwchem-6.6/bin/LINUX64目录下。

把下面的语句加入到~/.bashrc的末尾:
export PATH=$PATH:/sob/nwchem-6.6/bin/LINUX64:/usr/lib64/openmpi/bin/
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib/
alias mpirun='mpirun --allow-run-as-root'

重新进入终端后就可以用比如mpirun -np 4 nwchem test.nw运行了。

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发表于 Post on 2024-12-18 08:36:31 | 只看该作者 Only view this author
7.2.3似乎有个bug
编译下载的dftd3.tgz指向了 https://www.chemie.uni-bonn.de/g ... dftd3.tgz/dftd3.tgz
可以手动在https://www.chemie.uni-bonn.de/g ... re/dft-d3/dftd3.tgz 然后复制到 /src/nwpw/nwpwlib/nwpwxc/解决

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-6 20:29:18 | 只看该作者 Only view this author
更新了本文,加入了NWChem 7.0的编译说明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-13 07:07:14 | 只看该作者 Only view this author
linqiaosong 发表于 2019-8-12 11:09
sob老师,我的NWChem正常编译完成了,环境变量设置如下:

但是在运行的时候就如下报错:

不好说,也许是。如果输出文件已经产生了,看输出文件里有什么提示
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18#
发表于 Post on 2019-8-12 11:09:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我的NWChem正常编译完成了,环境变量设置如下:
  1. export NWCHEM_TOP=/software/nwchem/nwchem-6.8.1/
  2. export NWCHEM_TARGET=LINUX64
  3. export NWCHEM_MODULES=all
  4. export USE_MPI=y
  5. export USE_INTERNALBLAS=y
  6. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/software/openmpi/4.0.0_IB_gcc7.3_singularity3.0.1/lib/
  7. export PATH=$PATH:/software/openmpi/4.0.0_IB_gcc7.3_singularity3.0.1/bin:/software/nwchem/nwchem-6.8.1/bin/LINUX64
复制代码

但是在运行的时候就如下报错:
  1. Abort(1094543) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in PMPI_Init: Other MPI error, error stack:
  2. MPIR_Init_thread(639)......:
  3. MPID_Init(860).............:
  4. MPIDI_NM_mpi_init_hook(689): OFI addrinfo() failed (ofi_init.h:689:MPIDI_NM_mpi_init_hook:No data available)
复制代码

是不是我的openMPI有问题?
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17#
发表于 Post on 2017-5-15 09:05:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 五十八 于 2017-5-15 11:26 编辑

这几天试了好多次cuda版本的nwchem.... 因为老板想用集群上的K80 然后就有了下面的config:
编译环境 intel 2017|cuda 8.0|openmpi 2.x with cuda

#! /bin/bash
export NWCHEM_TOP=/opt/nwchem-6.6
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export LARGE_FILES=TRUE
export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=16777216"
export USE_MPI=y
export MPI_LOC=/opt/omp/intel
export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include
export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib
export NWCHEM_MPIF_WRAP=$MPI_LOC/bin/mpif90
export NWCHEM_MPIC_WRAP=$MPI_LOC/bin/mpicc
export NWCHEM_MPICXX_WRAP=$MPI_LOC/bin/mpicxx
export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort
export MRCC_METHODS=y
export CCSDTQ=y
export CCSDTLR=y
export IPCCSD=y
export EACCSD=y
export USE_MPIF=y
export LIBMPI="-lmpi_usempif08 -lmpi_usempi_ignore_tkr -lmpi_mpifh -lmpi"
export ARMCI_NETWORK=MPI2
export NWCHEM_MODULES=all
export LARGE_FILES=TRUE
export USE_NOFSCHECK=TRUE
export TCE_CUDA=Y
export CUDA_LIBS="-L/usr/local/cuda/lib64 -lcudart -lcublas"
export CUDA_FLAGS="-arch sm_61"
export CUDA_INCLUDE="-I. -I/usr/local/cuda/include"
export CUDA=nvcc
export MKLLIB=$MKLROOT/lib/intel64
export MKLINC=$MKLROOT/include
export BLASOPT="-L$MKLLIB -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread -lm"
export LAPACK_LIB="-L$MKLLIB -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread -lm"
export BLAS_LIB="-L$MKLLIB -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread -lm"
export SCALAPACK="-L$MKLLIB -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lmkl_blacs_openmpi_ilp64 -lpthread -lm"
export SCALAPACKOPT="-L$MKLLIB -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lmkl_blacs_openmpi_ilp64 -lpthread -lm"
export SCALAPACK_LIB="-L$MKLLIB -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lmkl_blacs_openmpi_ilp64 -lpthread -lm"
export SCALAPACK_SIZE=8
export BLAS_SIZE=8
export USE_MPIF4=y
export HAS_BLAS=yes
export USE_SCALAPACK=yes
make nwchem_config
nohup make -j 4 > make.log &
注意:
1. libmpi使用的是mpif90 -show中列出的
2. -j 4 在最后可能会有小问题,不过error后再make一下 就可以了 E5 2667V4 也就一个小时不到
3. Current version of cuda implementation is NOT supported for ARMCI_NETWORK=MPI-TS.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
顺便贴出H2O的测试结果
输入 QA/tests/tce_cuda
输出:
argument  1 = tce_cuda.nw



============================== echo of input deck ==============================
#
# Test for CCSD[T] & CCDS(T) codes in the TCE module
# Reference data obtained by an independent code are
#
# CCSD(T) -0.21632467284
# CCSD[T] -0.21640986353
#
# in units of hartree.
#
# The (T) & [T] codes and the reference data have been
# provided by Alex A. Auer (University of Waterloo)
#
start tce_ccsd_t_h2o

echo

geometry units bohr
O     0.00000000     0.00000000     0.22138519
H     0.00000000    -1.43013023    -0.88554075
H     0.00000000     1.43013023    -0.88554075
end

basis spherical
H library cc-pVDZ
O library cc-pVDZ
end

scf
thresh 1.0e-10
tol2e 1.0e-10
singlet
rhf
end

tce
ccsd(t)
io ga
cuda 1
end

task tce energy
================================================================================


                                         
                                         


              Northwest Computational Chemistry Package (NWChem) 6.6
              ------------------------------------------------------


                    Environmental Molecular Sciences Laboratory
                       Pacific Northwest National Laboratory
                                Richland, WA 99352

                              Copyright (c) 1994-2015
                       Pacific Northwest National Laboratory
                            Battelle Memorial Institute

             NWChem is an open-source computational chemistry package
                        distributed under the terms of the
                      Educational Community License (ECL) 2.0
             A copy of the license is included with this distribution
                              in the LICENSE.TXT file

                                  ACKNOWLEDGMENT
                                  --------------

            This software and its documentation were developed at the
            EMSL at Pacific Northwest National Laboratory, a multiprogram
            national laboratory, operated for the U.S. Department of Energy
            by Battelle under Contract Number DE-AC05-76RL01830. Support
            for this work was provided by the Department of Energy Office
            of Biological and Environmental Research, Office of Basic
            Energy Sciences, and the Office of Advanced Scientific Computing.


           Job information
           ---------------

    hostname        = localhost.localdomain
    program         = nwchem
    date            = Mon May 15 16:50:08 2017

    compiled        = Mon_May_15_08:41:27_2017
    source          = /opt/nwchem-6.6
    nwchem branch   = 6.6
    nwchem revision = 27746
    ga revision     = 10594
    input           = tce_cuda.nw
    prefix          = tce_ccsd_t_h2o.
    data base       = ./tce_ccsd_t_h2o.db
    status          = startup
    nproc           =        4
    time left       =     -1s



           Memory information
           ------------------

    heap     =   13107194 doubles =    100.0 Mbytes
    stack    =   13107199 doubles =    100.0 Mbytes
    global   =   26214400 doubles =    200.0 Mbytes (distinct from heap & stack)
    total    =   52428793 doubles =    400.0 Mbytes
    verify   = yes
    hardfail = no


           Directory information
           ---------------------

  0 permanent = .
  0 scratch   = .




                                NWChem Input Module
                                -------------------


C2V symmetry detected

          ------
          auto-z
          ------


                             Geometry "geometry" -> ""
                             -------------------------

Output coordinates in a.u. (scale by  1.000000000 to convert to a.u.)

  No.       Tag          Charge          X              Y              Z
---- ---------------- ---------- -------------- -------------- --------------
    1 O                    8.0000     0.00000000     0.00000000     0.22138519
    2 H                    1.0000     1.43013023     0.00000000    -0.88554075
    3 H                    1.0000    -1.43013023     0.00000000    -0.88554075

      Atomic Mass
      -----------

      O                 15.994910
      H                  1.007825


Effective nuclear repulsion energy (a.u.)       9.1968845623

            Nuclear Dipole moment (a.u.)
            ----------------------------
        X                 Y               Z
---------------- ---------------- ----------------
     0.0000000000     0.0000000000     0.0000000000

      Symmetry information
      --------------------

Group name             C2v      
Group number             16
Group order               4
No. of unique centers     2

      Symmetry unique atoms

     1    2



                                Z-matrix (autoz)
                                --------

Units are Angstrom for bonds and degrees for angles

      Type          Name      I     J     K     L     M      Value
      ----------- --------  ----- ----- ----- ----- ----- ----------
    1 Stretch                  1     2                       0.95700
    2 Stretch                  1     3                       0.95700
    3 Bend                     2     1     3               104.52000


            XYZ format geometry
            -------------------
     3
geometry
O                     0.00000000     0.00000000     0.11715200
H                     0.75679238     0.00000000    -0.46860802
H                    -0.75679238     0.00000000    -0.46860802

==============================================================================
                                internuclear distances
------------------------------------------------------------------------------
       center one      |      center two      | atomic units |       a.u.
------------------------------------------------------------------------------
    2 H                |   1 O                |     1.80847  |     1.80847
    3 H                |   1 O                |     1.80847  |     1.80847
------------------------------------------------------------------------------
                         number of included internuclear distances:          2
==============================================================================



==============================================================================
                                 internuclear angles
------------------------------------------------------------------------------
        center 1       |       center 2       |       center 3       |  degrees
------------------------------------------------------------------------------
    2 H                |   1 O                |   3 H                |   104.52
------------------------------------------------------------------------------
                            number of included internuclear angles:          1
==============================================================================



                      Basis "ao basis" -> "" (spherical)
                      -----
  H (Hydrogen)
  ------------
            Exponent  Coefficients
       -------------- ---------------------------------------------------------
  1 S  1.30100000E+01  0.019685
  1 S  1.96200000E+00  0.137977
  1 S  4.44600000E-01  0.478148

  2 S  1.22000000E-01  1.000000

  3 P  7.27000000E-01  1.000000

  O (Oxygen)
  ----------
            Exponent  Coefficients
       -------------- ---------------------------------------------------------
  1 S  1.17200000E+04  0.000710
  1 S  1.75900000E+03  0.005470
  1 S  4.00800000E+02  0.027837
  1 S  1.13700000E+02  0.104800
  1 S  3.70300000E+01  0.283062
  1 S  1.32700000E+01  0.448719
  1 S  5.02500000E+00  0.270952
  1 S  1.01300000E+00  0.015458

  2 S  1.17200000E+04 -0.000160
  2 S  1.75900000E+03 -0.001263
  2 S  4.00800000E+02 -0.006267
  2 S  1.13700000E+02 -0.025716
  2 S  3.70300000E+01 -0.070924
  2 S  1.32700000E+01 -0.165411
  2 S  5.02500000E+00 -0.116955
  2 S  1.01300000E+00  0.557368

  3 S  3.02300000E-01  1.000000

  4 P  1.77000000E+01  0.043018
  4 P  3.85400000E+00  0.228913
  4 P  1.04600000E+00  0.508728

  5 P  2.75300000E-01  1.000000

  6 D  1.18500000E+00  1.000000



Summary of "ao basis" -> "" (spherical)
------------------------------------------------------------------------------
       Tag                 Description            Shells   Functions and Types
---------------- ------------------------------  ------  ---------------------
H                          cc-pVDZ                  3        5   2s1p
O                          cc-pVDZ                  6       14   3s2p1d


                                 NWChem SCF Module
                                 -----------------



  ao basis        = "ao basis"
  functions       =    24
  atoms           =     3
  closed shells   =     5
  open shells     =     0
  charge          =   0.00
  wavefunction    = RHF
  input vectors   = atomic
  output vectors  = ./tce_ccsd_t_h2o.movecs
  use symmetry    = T
  symmetry adapt  = T


Summary of "ao basis" -> "ao basis" (spherical)
------------------------------------------------------------------------------
       Tag                 Description            Shells   Functions and Types
---------------- ------------------------------  ------  ---------------------
H                          cc-pVDZ                  3        5   2s1p
O                          cc-pVDZ                  6       14   3s2p1d


      Symmetry analysis of basis
      --------------------------

        a1         11
        a2          2
        b1          7
        b2          4


Forming initial guess at       1.0s


      Superposition of Atomic Density Guess
      -------------------------------------

Sum of atomic energies:         -75.76222910

      Non-variational initial energy
      ------------------------------

Total energy =     -75.926598
1-e energy   =    -121.777341
2-e energy   =      36.653859
HOMO         =      -0.469523
LUMO         =       0.091436


      Symmetry analysis of molecular orbitals - initial
      -------------------------------------------------

  Numbering of irreducible representations:

     1 a1          2 a2          3 b1          4 b2      

  Orbital symmetries:

     1 a1          2 a1          3 b1          4 a1          5 b2      
     6 a1          7 b1          8 b1          9 a1         10 a1      
    11 b2         12 b1         13 a1         14 a2         15 b2      


Starting SCF solution at       1.2s



----------------------------------------------
         Quadratically convergent ROHF

Convergence threshold     :          1.000E-10
Maximum no. of iterations :           30
Final Fock-matrix accuracy:          1.000E-10
----------------------------------------------


#quartets = 1.953D+03 #integrals = 1.482D+04 #direct =  0.0% #cached =100.0%


Integral file          = ./tce_ccsd_t_h2o.aoints.0
Record size in doubles =  65536        No. of integs per rec  =  43688
Max. records in memory =      2        Max. records in file   = 171316
No. of bits per label  =      8        No. of bits per value  =     64


File balance: exchanges=     0  moved=     0  time=   0.0


              iter       energy          gnorm     gmax       time
             ----- ------------------- --------- --------- --------
                 1      -75.9919313493  8.32D-01  3.68D-01      1.1
                 2      -76.0245328051  1.73D-01  7.81D-02      1.2
                 3      -76.0267916567  1.46D-02  6.36D-03      1.3
                 4      -76.0268078570  3.41D-05  1.89D-05      1.3
                 5      -76.0268078571  2.09D-10  1.15D-10      1.3
                 6      -76.0268078571  2.82D-12  1.14D-12      1.4


       Final RHF  results
       ------------------

         Total SCF energy =    -76.026807857137
      One-electron energy =   -123.154586049208
      Two-electron energy =     37.930893629772
Nuclear repulsion energy =      9.196884562299

        Time for solution =      0.3s



       Symmetry analysis of molecular orbitals - final
       -----------------------------------------------

  Numbering of irreducible representations:

     1 a1          2 a2          3 b1          4 b2      

  Orbital symmetries:

     1 a1          2 a1          3 b1          4 a1          5 b2      
     6 a1          7 b1          8 b1          9 a1         10 a1      
    11 b2         12 b1         13 a1         14 a2         15 b2      

             Final eigenvalues
             -----------------

              1      
    1  -20.5504
    2   -1.3368
    3   -0.6994
    4   -0.5666
    5   -0.4932
    6    0.1856
    7    0.2563
    8    0.7895
    9    0.8545
   10    1.1635
   11    1.2004
   12    1.2533
   13    1.4446
   14    1.4763
   15    1.6748

                       ROHF Final Molecular Orbital Analysis
                       -------------------------------------

Vector    2  Occ=2.000000D+00  E=-1.336810D+00  Symmetry=a1
              MO Center= -6.1D-18, -4.2D-33, -5.4D-02, r^2= 5.0D-01
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
     2      0.442847  1 O  s                  3      0.375524  1 O  s         
    15      0.193713  2 H  s                 20      0.193713  3 H  s         

Vector    3  Occ=2.000000D+00  E=-6.994436D-01  Symmetry=b1
              MO Center=  2.0D-17,  1.4D-34, -1.1D-01, r^2= 7.7D-01
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
     4      0.490008  1 O  px                15      0.328055  2 H  s         
    20     -0.328055  3 H  s                  7      0.221765  1 O  px         

Vector    4  Occ=2.000000D+00  E=-5.666047D-01  Symmetry=a1
              MO Center=  9.9D-17,  7.8D-17,  1.6D-01, r^2= 6.7D-01
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
     6      0.545529  1 O  pz                 9      0.365329  1 O  pz         
     3      0.349885  1 O  s                 15     -0.206362  2 H  s         
    20     -0.206362  3 H  s                  2      0.150410  1 O  s         

Vector    5  Occ=2.000000D+00  E=-4.931619D-01  Symmetry=b2
              MO Center=  4.0D-17, -6.0D-17,  9.3D-02, r^2= 6.0D-01
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
     5      0.631158  1 O  py                 8      0.495642  1 O  py         

Vector    6  Occ=0.000000D+00  E= 1.856128D-01  Symmetry=a1
              MO Center= -1.9D-16, -1.2D-17, -6.1D-01, r^2= 3.0D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
     3      1.003062  1 O  s                 16     -0.829439  2 H  s         
    21     -0.829439  3 H  s                  9     -0.336808  1 O  pz         
     6     -0.190376  1 O  pz         

Vector    7  Occ=0.000000D+00  E= 2.562882D-01  Symmetry=b1
              MO Center=  3.8D-16, -2.5D-19, -6.2D-01, r^2= 3.6D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
    16      1.444952  2 H  s                 21     -1.444952  3 H  s         
     7     -0.671020  1 O  px                 4     -0.283072  1 O  px         

Vector    8  Occ=0.000000D+00  E= 7.895205D-01  Symmetry=b1
              MO Center= -7.6D-15, -1.5D-16, -2.5D-01, r^2= 1.7D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
    15      0.944396  2 H  s                 20     -0.944396  3 H  s         
    16     -0.685542  2 H  s                 21      0.685542  3 H  s         
     7     -0.461871  1 O  px                 4     -0.267872  1 O  px         
    19     -0.153045  2 H  pz                24      0.153045  3 H  pz         

Vector    9  Occ=0.000000D+00  E= 8.545358D-01  Symmetry=a1
              MO Center=  6.8D-15, -2.5D-17, -4.7D-01, r^2= 1.6D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
    15      0.787221  2 H  s                 20      0.787221  3 H  s         
    16     -0.547465  2 H  s                 21     -0.547465  3 H  s         
     6      0.329172  1 O  pz                 3      0.319623  1 O  s         
    17      0.296348  2 H  px                22     -0.296348  3 H  px         
     2     -0.255712  1 O  s         

Vector   10  Occ=0.000000D+00  E= 1.163485D+00  Symmetry=a1
              MO Center= -5.3D-16,  6.3D-18,  1.4D-01, r^2= 1.2D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
     9      1.279725  1 O  pz                 6     -0.754396  1 O  pz         
     3     -0.750184  1 O  s                 15      0.547420  2 H  s         
    20      0.547420  3 H  s                 19      0.250488  2 H  pz         
    24      0.250488  3 H  pz         

Vector   11  Occ=0.000000D+00  E= 1.200389D+00  Symmetry=b2
              MO Center= -6.0D-16,  1.8D-16,  1.1D-01, r^2= 1.1D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
     8     -1.025479  1 O  py                 5      0.967820  1 O  py         

Vector   12  Occ=0.000000D+00  E= 1.253280D+00  Symmetry=b1
              MO Center= -3.8D-17,  1.1D-31,  1.2D-01, r^2= 1.7D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
     7      1.764697  1 O  px                16     -0.825968  2 H  s         
    21      0.825968  3 H  s                  4     -0.733899  1 O  px         
    15     -0.379694  2 H  s                 20      0.379694  3 H  s         
    17      0.302681  2 H  px                22      0.302681  3 H  px         
    19     -0.186824  2 H  pz                24      0.186824  3 H  pz         

Vector   13  Occ=0.000000D+00  E= 1.444621D+00  Symmetry=a1
              MO Center=  6.2D-16, -9.5D-17, -5.9D-02, r^2= 1.4D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
     9      0.739197  1 O  pz                19     -0.545980  2 H  pz         
    24     -0.545980  3 H  pz                 2     -0.529408  1 O  s         
     3      0.507964  1 O  s                 15      0.332938  2 H  s         
    20      0.332938  3 H  s                 17     -0.328827  2 H  px         
    22      0.328827  3 H  px                16     -0.209825  2 H  s         

Vector   14  Occ=0.000000D+00  E= 1.476304D+00  Symmetry=a2
              MO Center= -4.7D-15,  7.4D-17, -4.3D-01, r^2= 1.0D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
    18      0.685632  2 H  py                23     -0.685632  3 H  py         

Vector   15  Occ=0.000000D+00  E= 1.674768D+00  Symmetry=b2
              MO Center=  6.7D-15, -2.0D-17, -2.9D-01, r^2= 1.2D+00
   Bfn.  Coefficient  Atom+Function         Bfn.  Coefficient  Atom+Function  
  ----- ------------  ---------------      ----- ------------  ---------------
    18      0.767191  2 H  py                23      0.767191  3 H  py         
     8     -0.633433  1 O  py                11     -0.160750  1 O  d -1      


center of mass
--------------
x =   0.00000000 y =   0.00000000 z =   0.09750368

moments of inertia (a.u.)
------------------
           2.193344434586           0.000000000000           0.000000000000
           0.000000000000           6.315897898335           0.000000000000
           0.000000000000           0.000000000000           4.122553463750

  Mulliken analysis of the total density
  --------------------------------------

    Atom       Charge   Shell Charges
-----------   ------   -------------------------------------------------------
    1 O    8     8.31   2.00  0.83  0.82  2.82  1.81  0.01
    2 H    1     0.85   0.69  0.07  0.09
    3 H    1     0.85   0.69  0.07  0.09

       Multipole analysis of the density wrt the origin
       ------------------------------------------------

     L   x y z        total         open         nuclear
     -   - - -        -----         ----         -------
     0   0 0 0     -0.000000      0.000000     10.000000

     1   1 0 0     -0.000000      0.000000      0.000000
     1   0 1 0     -0.000000      0.000000      0.000000
     1   0 0 1     -0.808895      0.000000      0.000000

     2   2 0 0     -3.064509      0.000000      4.090545
     2   1 1 0     -0.000000      0.000000      0.000000
     2   1 0 1     -0.000000      0.000000      0.000000
     2   0 2 0     -5.228664      0.000000      0.000000
     2   0 1 1     -0.000000      0.000000      0.000000
     2   0 0 2     -4.376016      0.000000      1.960456


Parallel integral file used       4 records with       0 large values

                   NWChem Extensible Many-Electron Theory Module
                   ---------------------------------------------

              ======================================================
                   This portion of the program was automatically
                  generated by a Tensor Contraction Engine (TCE).
                  The development of this portion of the program
                 and TCE was supported by US Department of Energy,
                Office of Science, Office of Basic Energy Science.
                      TCE is a product of Battelle and PNNL.
              Please cite: S.Hirata, J.Phys.Chem.A 107, 9887 (2003).
              ======================================================

            General Information
            -------------------
      Number of processors :     4
         Wavefunction type : Restricted Hartree-Fock
          No. of electrons :    10
           Alpha electrons :     5
            Beta electrons :     5
           No. of orbitals :    48
            Alpha orbitals :    24
             Beta orbitals :    24
        Alpha frozen cores :     0
         Beta frozen cores :     0
     Alpha frozen virtuals :     0
      Beta frozen virtuals :     0
         Spin multiplicity : singlet
    Number of AO functions :    24
       Number of AO shells :    12
        Use of symmetry is : on
      Symmetry adaption is : on
         Schwarz screening : 0.10D-09

          Correlation Information
          -----------------------
          Calculation type : Coupled-cluster singles & doubles w/ perturbation           
   Perturbative correction : (T)                                                         
            Max iterations :      100
        Residual threshold : 0.10D-06
     T(0) DIIS level shift : 0.00D+00
     L(0) DIIS level shift : 0.00D+00
     T(1) DIIS level shift : 0.00D+00
     L(1) DIIS level shift : 0.00D+00
     T(R) DIIS level shift : 0.00D+00
     T(I) DIIS level shift : 0.00D+00
   CC-T/L Amplitude update :  5-th order DIIS
                I/O scheme : Global Array Library
        L-threshold :  0.10D-06
        EOM-threshold :  0.10D-06
no EOMCCSD initial starts read in
TCE RESTART OPTIONS
READ_INT:   F
WRITE_INT:  F
READ_TA:    F
WRITE_TA:   F
READ_XA:    F
WRITE_XA:   F
READ_IN3:   F
WRITE_IN3:  F
SLICE:      F
D4D5:       F

            Memory Information
            ------------------
          Available GA space size is     104857024 doubles
          Available MA space size is      26212588 doubles

Maximum block size        24 doubles

tile_dim =      8

Block   Spin    Irrep     Size     Offset   Alpha
-------------------------------------------------
   1    alpha     a1     3 doubles       0       1
   2    alpha     b1     1 doubles       3       2
   3    alpha     b2     1 doubles       4       3
   4    beta      a1     3 doubles       5       1
   5    beta      b1     1 doubles       8       2
   6    beta      b2     1 doubles       9       3
   7    alpha     a1     8 doubles      10       7
   8    alpha     a2     2 doubles      18       8
   9    alpha     b1     6 doubles      20       9
  10    alpha     b2     3 doubles      26      10
  11    beta      a1     8 doubles      29       7
  12    beta      a2     2 doubles      37       8
  13    beta      b1     6 doubles      39       9
  14    beta      b2     3 doubles      45      10

Global array virtual files algorithm will be used

Parallel file system coherency ......... OK

#quartets = 3.081D+03 #integrals = 2.434D+04 #direct =  0.0% #cached =100.0%


Integral file          = ./tce_ccsd_t_h2o.aoints.0
Record size in doubles =  65536        No. of integs per rec  =  43688
Max. records in memory =      2        Max. records in file   = 171316
No. of bits per label  =      8        No. of bits per value  =     64


File balance: exchanges=     0  moved=     0  time=   0.0


Fock matrix recomputed
1-e file size   =              190
1-e file name   = ./tce_ccsd_t_h2o.f1
Cpu & wall time / sec            0.0            0.1

tce_ao2e: fast2e=1
half-transformed integrals in memory

2-e (intermediate) file size =          734976
2-e (intermediate) file name = ./tce_ccsd_t_h2o.v2i
Cpu & wall time / sec            0.3            0.3

tce_mo2e: fast2e=1
2-e integrals stored in memory

2-e file size   =           126194
2-e file name   = ./tce_ccsd_t_h2o.v2
Cpu & wall time / sec            0.1            0.1
T1-number-of-tasks                     3

t1 file size   =               33
t1 file name   = ./tce_ccsd_t_h2o.t1
t1 file handle =       -999
T2-number-of-boxes                    54

t2 file size   =             4006
t2 file name   = ./tce_ccsd_t_h2o.t2
t2 file handle =       -996

CCSD iterations
-----------------------------------------------------------------
Iter          Residuum       Correlation     Cpu    Wall    V2*C2
-----------------------------------------------------------------
    1   0.2443178170854  -0.2059201622919     0.1     0.1     0.0
    2   0.0506627485436  -0.2068222189180     0.0     0.0     0.0
    3   0.0160641191390  -0.2089330812927     0.0     0.0     0.0
    4   0.0054873325632  -0.2094088878131     0.0     0.0     0.0
    5   0.0021271344761  -0.2096257931197     0.0     0.0     0.0
MICROCYCLE DIIS UPDATE:                     5                     5
    6   0.0003573519819  -0.2097603929005     0.0     0.0     0.0
    7   0.0001514299158  -0.2097678021026     0.0     0.0     0.0
    8   0.0000657315934  -0.2097707694945     0.0     0.0     0.0
    9   0.0000361891230  -0.2097718506068     0.0     0.0     0.0
   10   0.0000195433103  -0.2097725647382     0.0     0.0     0.0
MICROCYCLE DIIS UPDATE:                    10                     5
   11   0.0000032190057  -0.2097734216249     0.0     0.0     0.0
   12   0.0000012309484  -0.2097732958748     0.0     0.0     0.0
   13   0.0000005740558  -0.2097732858707     0.0     0.0     0.0
   14   0.0000002981996  -0.2097732772534     0.0     0.0     0.0
   15   0.0000001576344  -0.2097732747195     0.0     0.0     0.0
MICROCYCLE DIIS UPDATE:                    15                     5
   16   0.0000000250121  -0.2097732724782     0.0     0.0     0.0
-----------------------------------------------------------------
Iterations converged
CCSD correlation energy / hartree =        -0.209773272478210
CCSD total energy / hartree       =       -76.236581129615260

Singles contributions

Doubles contributions
CCSD(T)
Using CUDA CCSD(T) code
Using   1 device per node

CCSD[T]  correction energy / hartree =        -0.011901110331960
CCSD[T] correlation energy / hartree =        -0.221674382810170
CCSD[T] total energy / hartree       =       -76.248482239947222
CCSD(T)  correction energy / hartree =        -0.011405381264357
CCSD(T) correlation energy / hartree =        -0.221178653742567
CCSD(T) total energy / hartree       =       -76.247986510879613
Cpu & wall time / sec            0.1            0.6

Parallel integral file used       4 records with       0 large values


Task  times  cpu:        2.1s     wall:        2.9s


                                NWChem Input Module
                                -------------------


Summary of allocated global arrays
-----------------------------------
  No active global arrays



                         GA Statistics for process    0
                         ------------------------------

       create   destroy   get      put      acc     scatter   gather  read&inc
calls: 2251     2251     6.57e+04 3870     1.74e+04    0        0     2.78e+04
number of processes/call 1.06e+00 1.12e+00 1.11e+00 0.00e+00 0.00e+00
bytes total:             4.53e+07 5.17e+06 7.47e+06 0.00e+00 0.00e+00 2.22e+05
bytes remote:            2.46e+07 2.46e+06 4.34e+06 0.00e+00 0.00e+00 0.00e+00
Max memory consumed for GA by this process: 1724304 bytes

MA_summarize_allocated_blocks: starting scan ...
MA_summarize_allocated_blocks: scan completed: 0 heap blocks, 0 stack blocks
MA usage statistics:

        allocation statistics:
                                              heap             stack
                                              ----             -----
        current number of blocks                 0                 0
        maximum number of blocks                18                27
        current total bytes                         0                 0
        maximum total bytes                   1061744          22509656
        maximum total K-bytes                      1062             22510
        maximum total M-bytes                         2                23


                                     CITATION
                                     --------
                Please cite the following reference when publishing
                           results obtained with NWChem:

                 M. Valiev, E.J. Bylaska, N. Govind, K. Kowalski,
              T.P. Straatsma, H.J.J. van Dam, D. Wang, J. Nieplocha,
                        E. Apra, T.L. Windus, W.A. de Jong
                 "NWChem: a comprehensive and scalable open-source
                  solution for large scale molecular simulations"
                      Comput. Phys. Commun. 181, 1477 (2010)
                           doi:10.1016/j.cpc.2010.04.018

                                      AUTHORS
                                      -------
          E. Apra, E. J. Bylaska, W. A. de Jong, N. Govind, K. Kowalski,
       T. P. Straatsma, M. Valiev, H. J. J. van Dam, D. Wang, T. L. Windus,
        J. Hammond, J. Autschbach, K. Bhaskaran-Nair, J. Brabec, K. Lopata,
       S. A. Fischer, S. Krishnamoorthy, W. Ma, M. Klemm, O. Villa, Y. Chen,
    V. Anisimov, F. Aquino, S. Hirata, M. T. Hackler, T. Risthaus, M. Malagoli,
       A. Marenich, A. Otero-de-la-Roza, J. Mullin, P. Nichols, R. Peverati,
     J. Pittner, Y. Zhao, P.-D. Fan, A. Fonari, M. Williamson, R. J. Harrison,
       J. R. Rehr, M. Dupuis, D. Silverstein, D. M. A. Smith, J. Nieplocha,
        V. Tipparaju, M. Krishnan, B. E. Van Kuiken, A. Vazquez-Mayagoitia,
        L. Jensen, M. Swart, Q. Wu, T. Van Voorhis, A. A. Auer, M. Nooijen,
      L. D. Crosby, E. Brown, G. Cisneros, G. I. Fann, H. Fruchtl, J. Garza,
        K. Hirao, R. A. Kendall, J. A. Nichols, K. Tsemekhman, K. Wolinski,
     J. Anchell, D. E. Bernholdt, P. Borowski, T. Clark, D. Clerc, H. Dachsel,
   M. J. O. Deegan, K. Dyall, D. Elwood, E. Glendening, M. Gutowski, A. C. Hess,
         J. Jaffe, B. G. Johnson, J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin,
   R. Littlefield, X. Long, B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Rosing,
   K. Glaesemann, G. Sandrone, M. Stave, H. Taylor, G. Thomas, J. H. van Lenthe,
                               A. T. Wong, Z. Zhang.

Total times  cpu:        2.7s     wall:        3.5s



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发表于 Post on 2015-3-9 18:05:39 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sobereva,确实是权限的问题。我把nwchem安装文件夹里的所有文件的属性全部改为了777.普通用户就能正常使用了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-9 16:59:26 | 只看该作者 Only view this author
lsc840927 发表于 2015-3-9 16:56
你好!我用root用户安装好NWchem6.5后,用root用户提交例子文档能正常运算。换成普通用户,并设置好环境变 ...

你看看普通用户有没有执行此文件的权限。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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14#
发表于 Post on 2015-3-9 16:56:35 | 只看该作者 Only view this author
你好!我用root用户安装好NWchem6.5后,用root用户提交例子文档能正常运算。换成普通用户,并设置好环境变量,计算例子时提示以下错误,不知道是什么原因?请大家帮忙看看?
mpirun was unable to launch the specified application as it could not access or execute an executable:
Executable: /opt/nwchem6.5/bin/LINUX64/nwchem

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发表于 Post on 2015-1-9 11:16:58 | 只看该作者 Only view this author
excalibur 发表于 2015-1-2 12:59
找不到libraries的话,你可以对应nwchemrc文件检查下这些库文件是否都安装在应有的位置,同时检查下这些 ...

多谢,后来就解决了。

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发表于 Post on 2015-1-2 12:59:45 | 只看该作者 Only view this author
aixin 发表于 2015-1-2 12:03
如果我不拷贝文件,不使用general site installation。就安装sob 的安装方法(这个帖子的楼主写的) 可以 ...

找不到libraries的话,你可以对应nwchemrc文件检查下这些库文件是否都安装在应有的位置,同时检查下这些库文件和文件夹的读写权限是不是设置正确了……

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发表于 Post on 2015-1-2 12:30:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 excalibur 于 2015-1-9 20:10 编辑
aixin 发表于 2015-1-2 12:03
如果我不拷贝文件,不使用general site installation。就安装sob 的安装方法(这个帖子的楼主写的) 可以 ...

如果做ab initio或者DFT计算,可以全部显式的指定基组。至少我没有遇到过找不到库文件的情况。PS:我用的都是早期版本。

如果怕麻烦不想自己编译,并且你的计算平台上用的是Debian/Ubuntu系Linux,直接可以apt-get install nwchem安装,系统会自动解决所有的库依赖关系。Ubuntu 14.04和14.10中NWChem的版本是6.3,Debian stable中是NWChem6.1, Debian testing和unstable中NWChem是6.5.

如果是ArchLinux、Gentoo Linux及其衍生版本,也可以用其对应的包管理命令pacman或者emerge从软件仓库里把nwchem拖下来,这两个发行版的软件仓库里NWChem的版本都是6.5.
RPM系的Linux应该可以从网上找到相应的rpm包。

当然从软件仓库中拖下来的一般都是用的仓库中的数学和并行库,并且用的GNU的编译器,速度比用intel编译器和MKL库编译的会差一些,差多少没有测试过。

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发表于 Post on 2015-1-2 12:03:57 | 只看该作者 Only view this author
excalibur 发表于 2015-1-2 11:53
/usr/local/NWChem/data/libraries/ 文件夹也是需要你从安装源文件的目录里拷贝进去。

在NWChem文档 ...

如果我不拷贝文件,不使用general site installation。就安装sob 的安装方法(这个帖子的楼主写的) 可以么?我感觉还是要加。因为,我test一些程序的时候,提示找不到libraries。

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发表于 Post on 2015-1-2 11:53:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 excalibur 于 2015-1-2 12:01 编辑
aixin 发表于 2015-1-2 11:31
我怎么找不到nwchem-6.5/src/data/libraries 呢?是我安装没成功。但为什么可以测试test?

/usr/local/NWChem/data/libraries/ 文件夹也是需要你从安装源文件的目录里拷贝进去。

在NWChem文档里有相关说明:http://www.nwchem-sw.org/index.p ... l_site_installation

General site installation:

Set links to data files (basis sets, force fields, etc.)
  cd $NWCHEM_TOP/src/basis
  cp -r libraries /usr/local/NWChem/data

  cd $NWCHEM_TOP/src/
  cp -r data /usr/local/NWChem

  cd $NWCHEM_TOP/src/nwpw
  cp -r libraryps /usr/local/NWChem/data
这些操作是为了让计算平台上的所有用户都能使用NWChem而进行的相关设置,如果你安装NWChem只是为了自己使用,这些操作都是可以省略的,放在原来的安装目录就可以了。

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发表于 Post on 2015-1-2 11:31:43 | 只看该作者 Only view this author
excalibur 发表于 2015-1-1 23:17
自己按照官网的说明建一个default.nwchemrc文件,再建一个软链接.nwchemrc。

我怎么找不到nwchem-6.5/src/data/libraries 呢?是我安装没成功。但为什么可以测试test?

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