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[GROMACS] 使用gmx grompp进行nvt预平衡的时候出现报错

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它说我top文件里第307行没有使用nvt.mdp文件里定义的带-D前缀的POSRES宏,首先top文件第307行是SOL(水),其次mdp文件里的是define =-DPOSRES,我没有明白这个错误出在哪里,这种情况怎样解决,拜请诸位老师前辈解惑,感激不尽

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-20 05:22
分清楚warning和error
你当前用了-DPOSRES,所以grompp预处理拓扑文件的时候试图找#ifdef POSRES或#ifndef ...

谢谢大佬,我现在分得清了,也明白了,感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2024-11-19 20:40
是否要用position restraint? 是的话要例如在topol.top或相应itp的适当位置放
#ifdef POSRES
#include "p ...

谢谢您,我的解决方式是在配体itp文件中加入了#ifdef POSRES信息,完成了nvt平衡,目前在运行md,等运行完成结果。

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
分清楚warning和error
你当前用了-DPOSRES,所以grompp预处理拓扑文件的时候试图找#ifdef POSRES或#ifndef POSRES这样牵扯到POSRES的预处理信息,然而你当前的拓扑文件里又没有,所以你当前写-DPOSRES毫无意义,于是grompp给你个警告
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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 student0618 于 2024-11-19 20:43 编辑

是否要用position restraint? 是的话要例如在topol.top或相应itp的适当位置放
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
上例适用于Position restraint在posre.itp中定义的情况。

Yet to be strong in theory, yet to have enough practical skills.
Still I am having fun with MD simulation.

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