基于orca6输出文件的几何优化的监控脚本orcamonitor

Chlorine@Chem

之前一直是gaussian党，有用过钟叔的tsmonitor( （更新5.0版）Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社)。最近换到新课题组，需要把工作流迁移到ORCA，为了更有效地做几何优化，尝试使用了冰老师的orcamonitor( ORCA几何优化的监控/诊断小脚本-orcamonitor - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 )。美中不足的点是：
1. orca6对于ts的优化任务实际上在每一步都会输出imaginary mode（应该是当前虚频振动对应的Eigenvectors贡献较大的内坐标），而orcamonitor无法输出这些信息；

2. 当优化任务中有recalc_Hess的时候，orcamonitor无法对相应信息进行提取。ps: 我发现迭代到ver 6的orca，几何优化仍旧有值得诟病的地方，几何优化收敛的case对比Gaussian存在多余虚频的可能性更大，但是opt调成convergence tight又很容易出现calc_Hess已经显示正确数量的虚频，几何优化收敛的几个指标也处在可接受水平，但几何优化死活不能收敛。

为了解决一下这个问题，我重新写了自己版本的orcamonitor，用的是python3，需要有numpy安装（我的bash功底实在汗颜...

使用说明：

1. $ ./orcamonitor.py -h

复制代码

1. usage: orcamonitor.py [-h] [-i] [-x XYZ] [-o] [-f FREQ_TYPE] filename
   
2. 
   
3. Process ORCA output files.
   
4. 
   
5. positional arguments:
   
6.   filename              The ORCA output file to process
   
7. 
   
8. options:
   
9.   -h, --help            show this help message and exit
   
10.   -i, --interactive     Enable interactive mode
    
11.   -x XYZ, --xyz XYZ     Extract the xyz frame, int.
    
12.   -o, --ongoing         never raise error if encoutered
    
13.   -f FREQ_TYPE, --freq_type FREQ_TYPE
    
14.                         Works for Freq-Only task, to judge if if qualifies. opt or ts (default: opt)

复制代码

ps:
1. 五个几何优化收敛标准默认输出的是 (当前的值/normal收敛限的值)，也就是<1即为该项已经满足normal收敛条件。
2. MonConv 基于当前轮的im_freq和五个收敛标准，当且仅当满足两个条件时输出YES：
1) im_freq （源于recalc_Hess或者优化结束的freq计算）不为空而且虚频数目满足优化类型要求（opt 0个虚频，optTS 1个虚频）
2) 五个几何优化收敛标准有四个已经满足 或者 能量变化收敛且两个梯度收敛限达到normal标准的一半（具体可见代码）

之所以设计这个奇怪的性质，是因为本人在做计算的时候实际会用脚本实时监测输出，一旦出现recalc_Hess显示虚频数量正确，且五个优化标准已经还过得去了，我就会截停orca以提升效率。

输出示例：
1. 一个过渡态优化(convergence tight)+freq正常结束的case。


可以看到，优化总共经历了24轮，没有设置recalc机制所以只有最后有im_freq虚频输出。在最后几轮五个收敛标准已经达到了normal的要求，但是没有达到tight要求因此还在继续优化。

2. 一个过渡态优化(convergence tight)+recalc_Hess结束的case


可以看到在第10轮的时候，由于虚频数量正确，且完全达到了normal收敛的标准，优化就结束了（被我截停了）

3. -x关键词可以方便地抽取某一帧优化的结构


学生第一次写脚本，瑟瑟发抖）欢迎大家使用和交流，如果有bug，欢迎留言/联系 Email: jingdann.chen@gmail.com
以及特别感谢冰老师和钟老师的脚本!!


orcamonitor.py本体：
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输出文件测试用：
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