高斯导入出现原子粘连

293ok · 发表于 Post on 前天 09:49

本帖最后由 293ok 于 2024-11-25 21:18 编辑

大家好，小白想请教各位一个高斯的问题。为什么我的分子导入高斯后就粘连在一起了。因为molview上下载不到这个分子，我就在pubchem上下载sdf转化为mol格式，这个mol格式在pymol上不会粘连，但是导入高斯就粘连了。而且在pymol上是个大平面，他是带有氧原子的杂环是一个平面。谢谢大家~

sobereva · 发表于 Post on 前天 21:08

好好拼Gaussian，修改标题。乱拼程序名是很丢人的事

Solitude198 · 发表于 Post on 前天 21:00

293ok 发表于 2024-11-25 20:41
老师您好，请问这个clean有使用限制嘛，我有另外一个分子也是这种情况但是使用两次clean后就没反应了并且 ...

没使用限制，但是它很烂，只能大致优化一下结构，而且很多时候也得不到正确的东西

不如chemdraw画好在chem3D里用MM2优化 https://www.bilibili.com/video/BV1Lv4y1s7GC

293ok · 发表于 Post on 前天 20:41

Solitude198 发表于 2024-11-25 11:51
点一下

老师您好，请问这个clean有使用限制嘛，我有另外一个分子也是这种情况但是使用两次clean后就没反应了并且只展开了一点没呈现正确的结构还是个平面

293ok · 发表于 Post on 前天 14:55

Solitude198 发表于 2024-11-25 11:51
点一下

可以了！出现立体结构了，谢谢您~

293ok · 发表于 Post on 前天 12:12

lemon_electron 发表于 2024-11-25 11:54
可以在multwfn中用.mol格式文件产生gjf，或者把.mol文件拖进chem3D之类的软件生成合理的三维坐标，再放进高 ...

好的好的谢谢老师~我试试！感谢

lemon_electron · 发表于 Post on 前天 11:54

可以在multwfn中用.mol格式文件产生gjf，或者把.mol文件拖进chem3D之类的软件生成合理的三维坐标，再放进高斯进行优化

Solitude198 · 发表于 Post on 前天 11:51

点一下

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[Gaussian/gview] 高斯导入出现原子粘连