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[GROMACS] SiO2晶体能量最小化过程报错

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本帖最后由 zhangxinyou 于 2024-11-25 21:30 编辑

老师,我通过vmd得到了20×20×3的SiO2晶胞,但在能量极小化的时候,SiO2结构明显出现断裂,且能量不收敛。
想问下大家是什么原因导致的?需要进一步增加限制势吗?下图分别为能量最小化后的结构和初始结构。
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发表于 Post on yesterday 22:41 | 只看该作者 Only view this author
都不知道你要算什么,算晶体还是算个团簇
光发个mdp毫无用处
根据实际情况检查拓扑信息的合理性,特别是跨盒子的键
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