SiO2晶体能量最小化过程报错

zhangxinyou · 发表于 Post on 2024-11-25 16:56:56

本帖最后由 zhangxinyou 于 2024-11-25 21:30 编辑

老师，我通过vmd得到了20×20×3的SiO2晶胞，但在能量极小化的时候，SiO2结构明显出现断裂，且能量不收敛。
想问下大家是什么原因导致的？需要进一步增加限制势吗？下图分别为能量最小化后的结构和初始结构。

em (1).mdp (394 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

zhangxinyou · 发表于 Post on 2024-11-26 16:47:10

老师奇怪的是，我在用vmd生成后的pdb文件单独跑动力学是正常的，哪怕我重新把他放到一个别的盒子，能量极小化都会报错，想问问老师可能是哪些原因呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-25 22:41:20

都不知道你要算什么，算晶体还是算个团簇
光发个mdp毫无用处
根据实际情况检查拓扑信息的合理性，特别是跨盒子的键

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[GROMACS] SiO2晶体能量最小化过程报错