gaussview添加乙酰基团如何完成

哼哼2001 · 发表于 Post on 2024-11-26 00:27:41

在Gview中添加乙酰基团应该如何正确完成？各位老师们，想请教一下gaussview画图的相关问题。我使用的是pdb格式的蛋白质结构，我把两个氢原子删除然后在氮原子上连接了一个乙酰基团，用clean进行了简单的优化，标注出来的是我需要乙酰化的赖氨酸残基（已经添加上乙酰基团），操作后结果如下，

左上部分就是完成的乙酰化残基，但是这个蛋白导出之后，在pymol中并没有连接到我的赖氨酸上，如图

。想请教各位老师，gview画图到底应该如何进行操作呢。请各位老师指教！感谢老师们！！

哼哼2001 · 发表于 Post on 2024-11-26 11:46:27

sobereva 发表于 2024-11-26 08:48
直接画上去就完了，甭点clean，否则可能结构变得明显更烂
你只需要关注坐标，别管可视化程序怎么显示的。 ...

谢谢老师，我试着用修改后的蛋白想用HADDOCK做蛋白质对接，但是显示“Error in PDB file.Issue when parsing the PDB file at line 2.X,Y,Z coordinates, occupancy, and temperature (b) factors must be decimal numbers.”，这个怎么能处理好呢老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-26 08:48:15

直接画上去就完了，甭点clean，否则可能结构变得明显更烂
你只需要关注坐标，别管可视化程序怎么显示的。而且要看也是用CPK或licorice等方式看，搞清楚new cartoon风格适合什么情况

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