公社群聊Q&A整理：2017.01.11 17 ~ 2017.01.20 08 Concate（含既往全文）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-2-6 08:10:01

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2017.01.11 16:48:27
Q:
老师，我的优化结果中出现 Diagonalization in DiagDN via DSPEV failed.
Error termination via Lnk1e in /home/g03e/g03/l401.exe at Mon Jan 9 18:29:54 2017.
加opt(Cartesian)之后优化可以吗？@Sobereva
A:
没直接关系
Q:
要更改二面角的大小吗？
我算的这个结构是个平面结构，二面角设置的是180.出现这种错误需要怎么更改，请指教
A:
180就180，不会因为这个而出错
出错是因为bug或者乱用了关键词，用最新版本结合最基本的关键词，还不行就问客服
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2017.01.11 16:56:02
Q:
[图片] sob老师，这个图是Multiwfn画的吗？
A:
不是
----------------------------------------------------
2017.01.11 17:01:27
Q:
[图片]老师，这样看alpha和beta轨道是连续的排布的，只要输入轨道数就可以区分了是不？
A:
y
Q:
[图片]这样的话，直接读取就可以，我理解
怎么就是对应不上呢？老师，还有别的方法来读取．３１文件做轨道图吗？
A:
无
----------------------------------------------------
2017.01.11 17:20:15
Q:
sober老师multiwfn做电子密度差图的时候出现这个
[图片]
是什么原因呢，文件notfound
A:
先写操作符
[图片]
Q:
[图片]
还是这样啊社长
A:
别写双引号
Q:
额，拖进去自动的
A:
因为有坏习惯，路径中有空格，所以才自动加上双引号
----------------------------------------------------
2017.01.11 17:47:46
Q:
老师，用Multiwfn分析AdNDP之后，能看到特定成键中，某个原子的贡献么？
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2017.01.11 17:49:15
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
导出成.molden文件，然后将之载入multiwfn照常做轨道成分分析即可
----------------------------------------------------
2017.01.11 18:00:26
Q:
[图片]计算垂直S1和T1能量的时候出现这个错误，命令是%mem=8GB
%nprocshared=8
#p m062x/6-311++g(d,p) td=(triplets,root=1,NStates=15) opt geom=connectivity 请问是因为什么？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4905
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2017.01.11 18:31:32
Q:
才发现我的字号超了，现在已经改正
A:
自主规制/赞
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2017.01.11 20:33:24
Q:
sob老师，各位老师，请问MS和VASP的传送门在哪里呀/委屈
传送门是啥？
链接
就是某个链接~
MS http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4837
vasp http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4267
请教各位vasp的neb好用吗？
太感动了,钟老师
注册啊。
猫同学你还没有公社bbs的账号吗………
我有,只是...有难言之隐啊[图片]
A:
这是制约只是为了下载资源目的才访问论坛的人
Q:
/委屈嗯~
回些帖子，提些问题，很快就够等级
A:
上传个头像，每天登陆一次维持一个礼拜也足够升级了
没到2级的明显都没去过几次
Q:
[图片]
A:
我极为抵触为了刷eV而大量发没意义贴子的行为，包括发各种“谢谢分享”这种回帖
Q:
那为啥不吧““谢谢分享”改成eV转移，就是谢谢一次，就把部分eV转移到分享人。这样还能体现谢谢的意义
能量转移……
哈哈
[图片]
A:
直接用评分功能，都不用转移，能量无中生有就能加给LZ
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2017.01.11 21:43:33
Q:
请问这个amber16是干嘛的
？谢谢
A:
[图片]
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2017.01.11 21:47:43
Q:
请问第二轮通知发了吗？是否有一些软件需要提前安装？
[图片] Sobereva 分享文件 13:50:36
"第二轮通知.doc" 下载
A:
传群共享了
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2017.01.11 21:50:57
Q:
好的，谢谢
[图片]
我安装到这里，就发现这个问题
完全按照视频来，绝对没错
不要叫wjg
就叫sob
我试试
A:
linux初学者不可以有丝毫的自行发挥
Q:
360提示我的虚拟机需要升级
A:
不理它
Q:
[图片]
完蛋，我没显示那个啊
也是按步骤来的啊
视频里每一步都不能错
你不是，你的文件名不叫sob
[表情]
我试试。
A:
视频说不明白的，用文字更说不明白
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2017.01.11 21:59:46
Q:
我做振动分辨的电子光谱，做基态的振动分析这一步，输出文件已经大到快200GB了正常吗？只有5个原子
A:
不正常，关键词或者计算级别不合理
Q:
[图片]我把hf换成M062X，基组弄到aug-cc-pvtz，五个原子应该不过分吧@Sobereva
A:
振动分析加一堆弥散毫无用处，白费时间
尝试may-cc-pvtz
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2017.01.11 22:00:26
Q:
用opt=GEDIIS优化得到的几何结构和只用opt优化得到的其他分子在同一水平下做光学性质，应该有可比性吧？因为有一个分子，只用opt就是不收敛，几百步结构几乎不变，但是不收敛
A:
可比
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2017.01.11 22:03:25
Q:
不过觉得sob提供这个虚拟机的确好
昨天把raspa也装上了
以后终于可以一边搞着MS,一边跑gmx
把gmx编译成win版本还是不好，我觉得
毕竟是Linux下的软件，估计运行总会有折扣
A:
是的
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2017.01.11 22:26:40
Q:
在一个帖子里见到您很久之前提到 AOSB来讨论，可将Mayer键级精确分解为sigma、pi和delta成份，该软件搭配使用的是G03，没找到后续更新使用的G09的例子，试了一下也没成功，是否该软件只能搭配03使用呢
A:
不知道，问作者
----------------------------------------------------
2017.01.11 23:01:00
Q:
老师，我想咨询下pcm模型能体现粘度的不同吗？比如我想计算下在不同粘度下的发光效率
A:
不能
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2017.01.11 23:07:56
Q:
[图片]
老师，这是怎么回事(・o・)
A:
提问Gaussian问题的注意事项；Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
----------------------------------------------------
2017.01.11 23:16:16
Q:
[图片]我看SOB老师那个几下就结束了，我这个，没玩没了呢
A:
你得重启虚拟机一下，视频里也是碰见此情况，所以重启了虚拟机里免得系统
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2017.01.11 23:38:20
Q:
老师，优化正常结束，但出现一个NO，是不是不算收敛？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
谢谢老师
老师，我的优化正常结束了，但不是4个yes，是3个yes，1个no?算收敛么？
老师，我的优化正常结束了，但不是4个yes，是3个yes，1个no?算收敛么？我单独优化的，没有算频率，三个yes可以继续算频率么？谢谢老师
A:
算
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2017.01.11 23:41:21
Q:
[图片]请问下configure amber16 出现这个错误影响安装么
A:
不
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2017.01.11 23:48:09
Q:
老师您好，我想借助multiwfn结合VMD来绘制ESP。输入文件，12-0，开始计算静电势分布，但等了很久一直处于finish：0.0%，[图片]
CPU差不多用满了，请问这需要很长时间吗，大概要多久
A:
如果体系大，或者用了大基组，计算静电势非常耗时，借助cubegen会快得多，看手册4.12.7节的例子
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2017.01.12 00:02:39
Q:
请问大家配置好的虚拟机有多大啊，我的都快10G了，一运行就快15G了。笔记本有点吃不消啊。
A:
正常
硬盘怎么会那么小
Q:
呵呵120g硬盘，分了五个区。
A:
两个区还差不多
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2017.01.12 00:27:03
Q:
老师，您好，在linux借助cubegen计算静电势又遇到问题： Segmentation fault (core dumped) cubegen 12 potential FTA-tune2_sp_w01226_n.fchk result.cub -5 h < cubegenpt.txt。这该怎么办？
A:
不好说，瞎调调，比如减小线程数，或者换个机子之类
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2017.01.12 00:40:04
Q:
社长，请问关于频率校正因子，MG3S可以替代maTZVP吗？因为看到一些相同的方法下，他们的校正因子，蛮接近的。
A:
凑合
Q:
嗯嗯，明白啦，社长，那使用freq关键词计算，校正频率使用基频校正因子还是谐振频率校正因子好些呢？
A:
基频
如果你的目的是算频率的话
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2017.01.12 03:20:03
Q:
另外如何可以使用AIM准确计算分子中每个原子的偶极矩？
A:
你就按手册里的例子计算AIM盆的偶极矩就完了
相关公式、基础知识在手册第三章对应相应功能的章节都有提到
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2017.01.12 07:39:46
Q:
老师，可否麻烦你编译一下能计算不同方向电子动能密度的修改版multiwfn。自己弄总有些问题
A:
什么问题？
[图片]
已经加入Multiwfn了，下载最新的3.4(dev)即可。数字代表自定义函数编号
Q:
请问sob老师测试成功了吗？不知为何我画不出动能密度图
A:
怎么不能?
@ Ye 'S 我不知道你怎么操作的。我用low quality grid对电子密度做盆分析并未出现问题
怎么操作的？iuserfunc设好了没？
Q:
设好了
A:
贴操作步骤
程序绝无问题
Q:
先1000
2
83
5
100
2
-1
[图片]
A:
分明很正常，水分子
[图片]
下最新版本没有？
刚更新的
Q:
等等
我用win10选的程序
明明选的是新版本
A:
去官网下，甭管什么win10
Q:
不过再看还是旧的
A:
系统懂什么
Q:
不是，我是右键fchk文件选择打开方式
A:
干嘛要右键？
明明很多省事的方式
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
Q:
系统选不上新版，所以还是默认旧版本
我想让系统默认打开方式
A:
不要用歪门邪道的方式载入文件
Q:
是打开方式的问题。如果要算某个轨道的动能，是不是只有修改占据数来实现？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.01.12 17:22:10
Q:
Boltzmann分布计算分子不同构象比例的方法能够计算二聚体的构像分布么？
A:
可
Q:
老师，有机分子二聚体60原子左右，用哪一个热力学组合方法来算？
A:
可以尝试CBS-4M
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2017.01.12 17:25:49
Q:
sob老师好！（1）我算了个纳米环基态时NICS(1)_ZZ是10.5ppm，正值是反芳香性，然后又算了三态的NICS(1)_ZZ值是-37.5ppm，能否说明三态时它有芳香性了？（2）如果两个同分异构环三态激子分布相似，而三态能相差很大，我想采用三态的NICS(1)_ZZ值作为一个因素来看看其离域情况，如果一个是-5.3，一个是-20.8，能否说明后者的离域程度要大些？
A:
1 可
2 不知道
Q:
就是说NICS(1)_ZZ值用在三态时的芳香性的分析是有意义的？
A:
y
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2017.01.12 17:32:32
Q:
各位老师，请教一个问题，我用b3lyp/6-31g*下优化结构，然后用m062x/6-311+g**算单点能，
比较两种级别的活化能（TS-R）,发现m062x/6-311+g**比b3lyp/6-31g*大16~20kJ/mol左右，这种差距合理么？
A:
合理
Q:
恩恩，谢谢sob老师，我了解到b3LYP计算能量的误差在3~5kcal/mol，这个值是说的计算单一结构的能量，不是计算活化能的误差吧
A:
就是势垒的误差，能达到
[图片]
算势垒M062X精度和B2PLYP相仿佛
Q:
恩恩，老师，关于这些算法的误差范围的文件您能推荐几篇么？
A:
J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 808–821
----------------------------------------------------
2017.01.12 17:33:34
Q:
谢谢sob老师，我看你们的记录，感觉sob老师一夜没休息，要保证睡眠，注意休息
A:
北京时间2:50左右睡醒
Q:
sob老师日均睡眠多久/泪奔/泪奔
那您是几点睡的？
A:
往前数8个多小时
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2017.01.12 17:43:04
Q:
老师，做不同构象所占比例计算的时候要把可能的构象全部考虑进去么？我有28个体系，每个体系都考虑这么多的话，计算量实在太大
A:
考虑能量最低的一批
基本思路看此文
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
----------------------------------------------------
2017.01.12 18:05:00
Q:
请问下各位老师，应该怎么建立一个有金属离子的配体的力场呢？
A:
参考J. Chem. Inf. Model. 2016, 56, 599−604及所引文章
----------------------------------------------------
2017.01.12 18:39:26
Q:
一篇文献sci-hub只能下到不含年卷页的预览版，能在群里求正式版么？
A:
可
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2017.01.12 18:43:03
Q:
写了个小程序算SCPA方法的片段轨道贡献率，发现有个片段轨道在各个分子轨道中的贡献率的加和超过了100%
到现在没发现程序有啥问题
用的是coFO 里面的系数
A:
不可能加和超过100，因为都已经除了归一化系数了
Q:
用coFO 里面的系数计算片段轨道在所有分子轨道中的贡献，加和确实不是100%，有很多超过100%很多
每个分子轨道中各个片段轨道的贡献仔细检查过，计算的应该是正确的
A:
片段轨道对所有分子轨道贡献和没有100%这个要求，归一化也没有对这个来做，我认为没必要考虑这一点
----------------------------------------------------
2017.01.12 18:43:20
Q:
老师，请问我想表示反应路径上的能量变化，应该用电子能量、焓、吉布斯自由能中的哪个呢？这三个值一般分别在哪种情况常用呢？多谢老师@Sobereva
A:
自由能
Q:
好的，谢谢老师。不过为什么好多文献给的过渡态的能量图都是电子能量呢？
A:
要么作者不懂，要么为了省去做振动分析的时间
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2017.01.12 19:03:33
Q:
[图片]
请问一下
我做的电子密度差图为什么显示的不全
A:
设定作图平面时候设大延展距离
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2017.01.12 19:04:51
Q:
高斯网站改变了
[图片]
A:
可算憋出来了
Q:
G16 开卖了
A:
PM7都有了
Q:
G16没啥新东西吧
哇咔咔，G16都出来了
都能用GPU了
GV 6.0也配套出来了
价格还没公布么？
[图片]左下角和右下角两个人，怎么感觉是P上的？
A:
zheng jingjing和zou lufeng显得头略大
Q:
gauss view
[图片]
怎么搞量化的人一个个都很胖
感觉这个组织也不是那么样啊
动不动就禁止谁谁使用
gpu。。。。那以后高斯竞争力可以啊
A:
估计也就是个摆设，功能必定各种局限
而且双精度性能高的GPU死贵
Q:
最大卖点不是TD frequencies么
A:
EOM-CC优化结构，这一般也就是个摆设
Q:
为什么不把内置NBO也更新一下呢/阴险
为什么不把内置NBO也更新一下呢[表情]
解析频率
A:
因为NBO>3.1版本收费
[图片]
Q:
嗯个人很喜欢激发态的hessian那块
A:
其实就第一个是最关键
泛函都没怎么增加
虽然有了PM7，但是速度还是远不及MOPAC2016。其实g09已有的PM6D3基本够了，PM7主要就是考虑色散作用，其它方面同改进不大。
----------------------------------------------------
2017.01.12 19:24:25
Q:
各位老师，同学好，我想询问一下：使用vasp在计算晶体性质方面很常用，但是vasp没有像Multiwfn一样好用的波函数分析软件，既然这样，能否使用vasp进行结构优化，将优化好的模型送入Gaussian软件结合Multiwfn进行波函数分析呢？这样做有没有问题呢？请不吝赐教：）
A:
可以，无问题
----------------------------------------------------
2017.01.12 19:24:25
Q:
[图片] what is this?/尴尬
A:
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
----------------------------------------------------
2017.01.12 19:30:20
Q:
请教各位老师同学我做静电势的时候显示的错误如图[图片]这个我应该怎么解决呢，非常感谢
A:
看文
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2017.01.13 00:40:33
Q:
FULL CI是什么意思呢，哪位大神能够指点一下/微笑
A:
随便看本基础量化书诸如levine的都将
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2017.01.13 01:41:28
Q:
[图片]，如图。有谁知道DIRAC软件怎么装吗？Cmake版本低需要root权限？
[图片]
官网这么说的
但是我现在没有root权限
A:
boy 编译cmake可以设定binary产生在那里，不是非得要root权限，可以装到用户目录下
----------------------------------------------------
2017.01.13 03:57:01
Q:
[图片]
装ambertools谁出现过这种问题
网速也不会老是出问题把
A:
如果你的ambertools目录不是新建的就是以前的，不用装patch，因为之前就已经patch过了
----------------------------------------------------
2017.01.13 04:26:01
Q:
[图片]
这种是不是明显的Hbond
中间颜色很深蓝
A:
作等值面图考察，平面图不方便
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2017.01.13 04:47:43
Q:
sob老师，请问CDC积分曲线里，我想对下面这个积分公式[图片]乘以一个常数A，这个在multiwfc中怎么实现呢？
A:
导出数据，导入origin里，然后自行乘上即可
----------------------------------------------------
2017.01.13 05:00:27
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
能计算磁性质但加不了外磁场。prop=epr
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2017.01.13 06:05:44
Q:
群里有了解i7八核的吗？我有台电脑显示i7八核，2.0GHZ是什么情况。而且安装虚拟机安装不上，提示不匹配。
A:
你的9.9成是4核8线程，8核i7只有烧包玩家才用
----------------------------------------------------
2017.01.13 06:47:08
Q:
请问，mopac2016如何并行运算？
A:
默认就并行，有多少核用多少
----------------------------------------------------
2017.01.13 06:56:19
Q:
请问gromacs 5.1.4版本的mdrun怎么找到？
还有第二个问题，gromacs 5.1.4版本怎么知道是并行还是串行？
这里怎么解读？MPI library: MPI是不是就是并行？
怎么操作？ gmx mdrun np=4 对么？
请问是这个命令麽 gmx mdrun 8 *.tpr ？
Using 32 MPI threads
Using 1 OpenMP thread per tMPI thread
OpenMP和MPI有什么区别麽？
A:
命令都合并到了gmx命令里，看官网user guide
默认编译出来就是并行的。
gmx从5版本开始有三种并行：openmp、thread_MPI、MPI
最后一种最普适，可以跨节点，但是编译时得提供MPI库。前两种是默认就支持的。thread_MPI是gmx开发者自己搞的轻量级MPI库，专门用于单节点并行。最早gmx并行只支持MPI，后来为了单节点并行方便于是加入
命令都合并到了gmx命令里，看官网user guide
默认编译出来就是并行的。
gmx从5版本开始有三种并行：openmp、thread_MPI、MPI
最后一种最普适，可以跨节点，但是编译时得提供MPI库。前两种是默认就支持的。thread_MPI是gmx开发者自己搞的轻量级MPI库，专门用于单节点并行。最早gmx并行只支持MPI，后来为了单节点并行方便于是加入thread_MPI，而openMP是最晚才引入gmx的。
单机并行openmp、thread_MPI都可以用，没自己设的话是mdrun自动决定。
thread_MPI，而openMP是最晚才引入gmx的。
单机并行openmp、thread_MPI都可以用，没自己设的话是mdrun自动决定。
----------------------------------------------------
2017.01.13 07:19:22
Q:
老师，请教个基础问题，计算的时候，怎么确定用什么方法呢？比如gv里的写法，CIS和EOM-CCSD等；DFT、MP2和CCSD等；B3LYP、PBEPBE和WB91X等。之前看您博文，对基组的选择和HF后HF的区别有点理解，但涉及方法时还是有点懵。
举个例子，跑偶极矩 # polar method/def2sv method用什么好？B3LYP?PBEPBE? 还有就是，gv里没找到def2SVD，只有def2SV，是在输入文件手动添加D吗？
[图片]这个图感觉针对性不够……
看说明书以为pop和polar一样……然后用pop计算出错，polar能正常结束
之前偶极矩是在opt任务后查看的，但现在不确定那个对不对，看说明书好像要加关键词
A:
算偶极矩必须带弥散，def2-SVPD是下限，算得动的话建议def2-TZVPD
算偶极矩，泛函用B3LYP即可，对泛函不敏感
----------------------------------------------------
2017.01.13 11:45:20
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
很久前就留意过GPView，并没觉得有什么意义
----------------------------------------------------
2017.01.14 01:34:33
Q:
问一下，高斯中优化频率计算等是用的球谐函数么？
谢啦
老师，高斯优化频率计算用到球谐函数么
问问大神
A:
算能量导数和高斯函数的具体形式没有直接关系。也没必要去在意
----------------------------------------------------
2017.01.14 05:15:19
Q:
sob老师有微信公众号吗？
还行吧，有几个课题组，每周讲的文献，主要内容发上去，都是最新的，重量级文章，
A:
我提倡搞科研的少用手机
----------------------------------------------------
2017.01.14 05:22:06
Q:
静谢啦
但是，我想知道计算BDE（A-B）=E（A）+E（B）-E（A-B）用的是哪个值呢？
就是zero pointenergy corrected total energy
zero point energy corrected total energy
BDE（bond dissociation energy）是需要哪个呢？
A:
用焓焓焓，看此文的例子J. Phys. Chem. A 2016, 120, 4025−4036
----------------------------------------------------
2017.01.14 06:22:03
Q:
老师，有个问题想请教一下。您在博文过渡态反应路径的计算方法及相关问题中提到，严格来说过渡结构是指势能面上反应路径上的能量最高点，过渡态是指自由能面上反应路径上的能量最高点。那么，使用gaussian搜索得到的过渡态是否就是势能面上反应路径上的能量最高点？
谢谢前辈解答。但我想问的是使用gaussian搜索得到的所谓的过渡态严格地说是势能面上反应路径上的能量最高点（过渡结构），还是自由能面上反应路径上的能量最高点（过渡态）。
是的，博文中sob老师说在低温条件下两者不会差太多，近似相等。但在高温条件下就不一定了。看到了就想确定一下。
A:
高斯给的是势能面上反应路径的极大点
----------------------------------------------------
2017.01.14 07:37:34
Q:
molpro的输出文件一般用什么可视化程序看比较方便
A:
用molpro产生.molden文件，可以靠multiwfn看结构和轨道
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2017.01.14 15:12:43
Q:
那是否说明由于高温条件下自由能面和势能面会相差很大，只能使用gaussian计算在较低温度下的化学反应？
A:
你要考察高温情况用专门的考虑方式就完了，诸如VTST代替TST计算k，这同样需要利用高斯计算的数据
VTST中最简单的CVT是在高斯给的IRC路径上找自由能最大点，这得用高斯对IRC上每个点做振动分析算自由能
Q:
老师，如果想考虑高温下的化学反应，根据博文可以使用KiSThelp程序（简单考虑）或根据您提供的计算反应速率的Excel表，如果想更细致地研究的话需使用Polyrate程序。不知道我的理解对不对。
A:
那个excel表做不了CVT，得用kisthelp做CVT
更高级的变分过渡态理论polyrate支持
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2017.01.14 15:12:43
我一非智能机用了5年。去年被迫换新。
我本科的一个老师就一直用功能机用到2015年8月。。
宁静，坚守，致远
我思故我在。
盲从和追逐潮流的人，会迷失自我
A:
+1
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2017.01.14 19:10:04
Q:
周末好，我想算天然产物的ECD，大家推荐下用什么软件进行构象搜索方便？我用hyperchem固定扭转角好像很麻烦
周末好，我想算天然产物的ECD，大家推荐下用什么软件进行构象搜索方便？我用hyperchem固定扭转角好像很麻烦
A:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
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2017.01.14 21:05:13
Q:
老师您好，请教一下，在利用wfn软件教程中有一章节利用Fukui函数预测反应位点，这里输入文件是.wfn, 如果用高斯的fchk文件可以吗
A:
可
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2017.01.14 21:50:00
Q:
老师同学们好，请问：我合成出几种带有金属的晶体（钴、锌），用它们做了一些植物活性方面的实验，现在想从其分子入手，理论上研究这几种晶体的几何结构、原子电荷、分子总能量、前线轨道能量、轨道贡献等参数，请问应该如何填写输入命令呢？谢谢大家~/可爱
老师同学们好，请问：我合成出几种带有金属的晶体（钴、锌），用它们做了一些植物活性方面的实验，现在想从其分子入手，理论上研究这几种晶体的几何结构、原子电荷、分子总能量、前线轨道能量、轨道贡献等参数，请问应该如何填写输入命令呢？谢谢大家~[表情]
是我么？/小纠结嘿嘿，我用Gaussian，之前看了一些文章，提到了使用B3lyp/6-31g方法和基组，但是我不是很清楚还需要输入其它什么命令，例如优化或者其它，我本身是研究磁性的，所以对这个不是很了解，还请大家指导~
[图片]分子是这样的~
想要对它优化，最终获得几何结构、原子电荷、分子总能量、前线轨道能量、轨道贡献等参数，请问该如何输入呢？这只是我的一个想法，不知道是否可行的~
A:
优化用opt，原子电荷看你算哪种，看群共享里原子电荷计算方法的对比。能量输出文件里就有，轨道成份看
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
6-31G根本没法用，毫无意义，仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2017.01.14 23:33:07
Q:
请问一下，在寻找过渡态时候，本人之前用的是B3LYP/6-31++G** D3，且用找到了过渡态，现在在之前找到过渡态的基础上用M062X/6-311+G** D3，且maxstep=5，找的的过渡态和以前不一致；请问下在换了方法基组之后如何找到之前的那个过渡态呢
A:
用之前的过渡态当初猜，小步长上限找过渡态，如果找不到，再用calfc或calcall，还找不到说明之前的过渡态本身就不准
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2017.01.15 03:44:24
Q:
请教一个问题，我做IRC计算，但总是IO报错，可不可以用这样做来代替IRC关键字计算。
沿着过渡态的虚频振动方向，向两边微调固定数值的一系列原子距离，然后固定这个距离，做min优化至收敛，得到一系列的能量值。这一系列的能量值生成一个曲线，等同于IRC曲线。
这样行吗？
跑量子力学动力学，量化方法是PM6，这样级别的量化方法能正确描述原子之间成键吗？会不会跑着跑着，把原子之间的拓扑都跑成一锅粥？
A:
量化里没有拓扑关系。PM6对有机体系完全适用
你那种走IRC的做法虽然原理上行，但在实际中往往不好定义被固定的坐标。如果恰好对当前体系可以定义可以试试
Q:
请问哪位老师做过IRC计算呢，可不可以给我说一下做这种计算应该如何入手呢
A:
先把exploring第二版相关部分看一遍
Q:
上面算IRC的那个问题，如果不是求单点能，而是在固定不同键长的前提下几何优化呢，这样做行不行？
A:
生成IRC的GS2算法就是在反应坐标上每个距离做限制性优化。如果反应坐标直接对应于键长的变化，那也可以一试，虽然可能最后发现只是白折腾一场
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2017.01.15 17:24:13
Q:
辛辛苦苦写出来的博文没人看，感觉就像对牛弹琴
A:
+1
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2017.01.15 17:51:09
Q:
求助，发现有一个任务不动了，无法用ssh从管理节点登陆到任务所在的计算节点，有没有什么办法让计算节点强制关机？
kill只能登陆到计算节点用
A:
看看是服务器反应太慢，还是完全登不进去。如果只是反应特别漫，多等等，进去再kill
如果是完全登不进去，除非有什么远程监控之类的能让机子强制重启，否则我看够呛
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2017.01.15 18:31:41
Q:
请问一下老师，在利用Gaussian寻找过渡态时，计算一直停留在“Performing Berny Optimization”，好多天了，这样正常吗？
A:
如果对于当前计算能力、对于当前体系来说计算速度不应该这么慢，就停掉
Q:
嗯嗯，这个是不是计算机硬件的问题？
A:
一般不是
Q:
嗯嗯，老师，那我应该从哪方面改善这个问题？
A:
重算，还这样就修改关键词，如果是老版本就换新版本
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2017.01.15 18:39:23
Q:
老师，我想请教一下LC-BLYP的参数设置
[图片]
请问μ必须写成10位长度么？
A:
y
Q:
如果我输入的μ超过10位，请问程序会从前还是从后面开始读？
A:
超过10位没意义
Q:
我之前算了，没报错，花了很长时间，所以想问下我算的结果是否正确/快哭了
我之前算了，没报错，花了很长时间，所以想问下我算的结果是否正确[表情]
A:
检查输出文件里把你的输入解析成了什么，不报错不代表有意义
Q:
这是输出文件，老师能帮我看一下么？
A:
参数都乱了
[图片]
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2017.01.15 19:13:26
Q:
老师，请问在进行NBO分析的时候，①对opt freq的log文件重新保存成gjf，然后把关键词改成"方法/基组 pop=NBO"②直接把之前的gjf文件关键词改成"方法/基组 pop=NBO geom=check guess=read"，请问这两种方法计算速度是否一样啊？
(整理Q&A) 师兄，单点我已经用ccsd(t)单独计算了，已经算完了，这样我如果用②的话，单点会不会不准确啊？
(整理Q&A) 师兄在m062x/TZVP和CCSD(T)/cc-pVTZ两种计算水平上算出单点之后，继续计算NBO，得出的结果是否会不同啊？
A:
不会不准。
注意CCSD(T)产生不了密度。所以你直接这么写，NBO分析的是HF密度。
m062x/TZVP和CCSD(T)/cc-pVTZ显然会不同。别忘了CCSD(T)下做NBO分析对应的是HF波函数，是否考虑电子相关对电荷分布影响很大。至于基组的不同倒是次要，NBO对基组不敏感。
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2017.01.15 21:48:13
Q:
大博士我在算磷酸胆碱的RESP时采用这个关键词有没有问题？我是用的antechamber -i log文件生成 mol文件按这种方法算的RESP电荷跟文献值比较接近。
#B3LYP/6-31G* integral(Grid=UltraFine) Pop=(mk,readradii) scf=xqc iop(6/33=2)
而之前是采用 antechamber 拟合 ESP 生成RESP电荷，原来的关键词是
# opt=tight hf/6-31g(d) nosymm scf=qc pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)
与文献值差的比较大。
谢谢但是为何两种方式差异很大？与文献值想比较的话
[图片]
A:
得看文献用的什么级别。HF和B3LYP的拟合静电势电荷会相差很大。用不着写readradii，本身这个分子里所有元素的半径程序都有定义。ultrafine完全没必要。
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2017.01.15 22:56:32
Q:
老师，我有个问题，轨道有非自旋的吗？为什么要强调是自旋轨道呢？@Sobereva
[图片]老师，三个占据轨道，为什么一共5个电子呢？B为什么是个3个电子呢？
老师，波函数对称性和分子对称性之间有什么对应关系吗？@Sobereva
A:
闭壳层计算的轨道就是无自旋的
有，你看科顿的群论书就懂了
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2017.01.15 23:17:41
Q:
请问出现这样的情况应该怎么处理呀？
[图片]
请问备选轨道很多600多条的时候，怎样能看到所有的备选轨道呀？
A:
按照手册5.5节加大窗口缓冲区。
那个报错是因为候选轨道太多，暗示说明当前搜索设定不太合理
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2017.01.16 02:41:48
Q:
(整理Q&A) /阴险
(整理Q&A) 李大博士，Ga元素用什么样的赝势基组比较好？
李大博士，Ga元素用什么样的赝势基组比较好？
Lanl08可以吗？
A:
lanl08没问题
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2017.01.16 04:40:02
Q:
[图片]请问老师这样的图和multiwfn中所讲的CDA是否是一样的
A:
一样
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2017.01.16 04:51:31
Q:
请问gauss输出的分子轨道对称性，有时候会不对是吧？
比如该是b2g的输出是b3g
李老师，请问gauss输出的轨道对称性有时候会不正确吧？
A:
顶多是判断不出来，要说判断不正确我还没见过。心存疑虑的话你就根据轨道图形和特征表表对照一下看是否正确
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2017.01.16 05:20:12
Q:
[图片]请教一下pb_potential_volume值是怎样计算得到的，谢谢
A:
用APBS计算蛋白的静电势，得到cube文件，然后用chimera载入显示出来等值面，其中有个工具是计算等值面内部体积。
我没具体试过，不过这个思路应该没问题
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2017.01.16 16:53:15
Q:
应该说GV里成键显示，不应该说键级
有什么区别
键级和键长还是有区别的
/抠鼻我怎么记得确实就有这种键级定义，从哪儿看的来着
噫确实修改一下严谨，我去改一下
举个例子，基态和垂直激发态的键长不变，但键级会改变，因为键级是直接反应电子结构的，而键长只能反应几何结构，间接反应平衡态下的电子结构
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpclett.5b00812
感觉只是个概念宽窄问题，这种定义（如果可以说是一种定义）肯定是一种极差的键级，有极多的情况会给出不合理的结果（不过其他有的真·键级定义有的时候给的结果还不如以键长为参数的）。
改了确实严谨些
最主要问题是别人误以为GV可以算键级了[emoji]
[图片]好像是
A:
就说连接关系就完了
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2017.01.16 20:31:06
Q:
请问计算CH3-CH3双自由基自旋电子密度时，是不是不能用opt，不然就会收敛到基态
关键字如下
#p ub3lyp/6-31g(d) guess(fragment=2)
#p opt ub3lyp/6-31g(d) guess(read) scf=nosymm
A:
没这回事
U结合guess(mix,always)就完了，每一步都产生对称破缺初猜
Q:
好的，谢谢sob老师，我再尝试一下
A:
优化也毫无意义，优化完了就成乙烷了，哪还有自旋密度
Q:
对对，我的意思就是是不是如果用opt直接就成乙烷了
做出来了[图片]
sob老师，如果想计算双自由基状态的乙烷，应该怎样计算，这样做有意义么
A:
乙烷没有双自由基状态，双自由基状态是超过不稳定点的情况，这时候键的长度已经没法说是乙烷了
Q:
sob老师，假如说某一个反应是自由基反应，非要乙烷成为双自由基状态才可以反应，该反应势垒怎样确定
A:
乙烷根本没有“双自由基状态”
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2017.01.16 20:48:47
Q:
[图片]
咨询一下，笔记本安装这个屏幕这么小，如何改大点
[图片]
咨询一下，安装gromacs。make的时候，这样子。咋办？谢谢
A:
不要从快捷方式进入sob目录，仔细看视频
修改虚拟机系统里的分辨率设置
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2017.01.16 21:11:42
Q:
[图片]做CIS优化S2，加了calcall想消虚频，结果出现这个是为什么呢
A:
换最新版本再试
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2017.01.16 22:56:29
Q:
sob老师，我想问一下，做三线态（T5）的势能面扫描应该怎么做呢？势能面扫描时，直接#p Scan m062x/genecp 是不是不对啊？
A:
scan就完了啊
Q:
sob老师，我直接scan的话，不知道scan的是不是T5态呢
A:
当然可能不是
你得用算激发态的方法来指定，比如TD里面root是几
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2017.01.17 23:44:12
Q:
[图片]
请问装gromacs时候出现这个错误咋回事阿？
A:
可能下载不完整，重来一遍
Q:
是从cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2016.1 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON这步开始吗？
ｓｏｂ老师安装时候需要联网吗？
A:
要
删了目录，重新解压重新来
Q:
[图片]
请问这是怎么回事。@Sobereva
[图片]
A:
不要自己改目录名，完全精确重复视频里的过程
不是仿照视频，而是完全复制视频的过程
Q:
那我已经安装到这一步，前面所有安装都需要重新来？
之前的8个程序都没问题
A:
目录名改成sob
删了amber目录重新弄
Q:
好的，下车再试试
我只是把每一步的sob改成了liuzeyu,而且之前的八个安装都没问题，只到ambertools才出这个问题，如果说是因为我改过的原因，这不科学啊！
A:
完全复制视频操作却装不上，这不科学啊
Q:
我都安上了，但是也改了sob路径名了，怎么为？
A:
改就改了
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2017.01.18 01:20:04
Q:
[图片]
[图片]
第八步没出现第二张图的最后一行，有问题不？
A:
无
按ctrl+C就完了
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2017.01.18 01:25:32
A:
明天要讲500页内容，请拿到讲义的人尽快预习
Q:
500页？是把讲义上vmd的使用都讲了么？
A:
[图片]
Q:
哦是对应讲义上87面
A:
由于实际做出来幻灯片比预期多1/2，所以进度很紧
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2017.01.18 01:32:46
Q:
那迟到的同学能不能先让其他同学帮忙先拿一下讲义啊？
A:
不能
Q:
好吧
A:
工作人员很忙，额外的情况会造成乱套
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2017.01.18 01:42:15
Q:
[图片]
第九步提示有这个错误，怎么处理下阿？
A:
索性甭选择打补丁了，对本课程也没什么影响
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2017.01.18 03:29:30
Q:
谁房间还有空床？
我晚上可能来的比较迟
你们合住呗，反正你也不开发票
我跟谁？
[表情]我
我不用开发票
娃娃
需要到前台登记吗？要不然早餐就没他的了
好吧[表情]
两个卢老师的脑残粉住一起了[表情]
A:
墨家子弟在分子模拟方面经验丰富，娃娃可以趁机多学习
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2017.01.18 03:56:54
Q:
有一页ppt上写着蓝色字为二进制文件，可是黑白印的看不出来啊
A:
所以要认真看屏幕
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2017.01.18 03:57:18
Q:
[图片]我最近当本科生助教，一直在思考北大的本科生教育和其他学校的本科生教育相比有什么优势，但并没有想出来
A:
我看学生的差距占主要因素
Q:
感觉青年千人基本都是国外的博士
[表情]上课的时候北大有好多本科生可渣了
身在福中不知福
其实是“想知福”，知道了之后就能让别人也福
A:
课件不是写书，不会考虑读者的感受的，只考虑听课者感受
Q:
北大我觉得是牛人多，你看到身边人都牛逼
压力会很大
所以人也需要逼
A:
土博士少是因为厉害的大多都出国了
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2017.01.19 04:28:06
Q:
[图片]两位老师，我的网盘登录不上了
A:
链接没有问题
换浏览器
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2017.01.19 04:58:44
Q:
[图片]
老师我们想在vmd下看轨迹但是找不到fixed
那个文件
A:
转换完了才有
Q:
2？
A:
0
Q:
[图片]
老师，请问怎么才能让vmd动起来呢，现在只是静止的
A:
明天就懂了
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2017.01.19 05:25:49
Q:
哪位把下载材料的链接和密码分享一下，谢谢
A:
看群共享里第二轮通知
Q:
群里的老师能把百度网盘的链接再说一下吗，抱歉学校最近网速不好，一直上不了
A:
Sobereva(190258442) 21:26:11
看群共享里第二轮通知
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2017.01.19 05:38:47
Q:
老师，请教一下算水盒子常温常压模拟，需要把file里面waterbox文件夹拷贝到Linux系统里吗？
A:
需
Q:
需要复制到哪里呢？
share/gromacs/top中吗？
A:
/sob下
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2017.01.19 06:20:11
Q:
[图片]
各位老师同学好！能不能请教一下，gd 14是什么意思？请问卢老师上课打开的file中的哪个文件夹？
A:
[图片]
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2017.01.20 06:17:28
Q:
请教各位高人，下面报错是咋回事，谢谢
后面不都写着呢吗？
具体的看手册
A:
手册没写
课上讲过
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2017.01.20 07:12:59
Q:
请教各位高人，绘制径向分布函数时出现如下错误怎么回事，谢谢
[图片]
A:
输的位置完全不对
[图片]
一条语句就完了
----------------------------------------------------
2017.01.20 07:16:15
Q:
请问vmd用0进入查询模式，然后怎么退出查询模式呢
A:
按r
恢复默认的旋转模式
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复制代码

helpme · 发表于 Post on 2017-2-6 13:10:38

感谢耐心做这样一件有意义的事情。

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