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本帖最后由 chenwei 于 2024-12-2 11:23 编辑
各位老师好，我用Gromacs 2020.6进行蛋白质-配体复合物分子动力学模拟，在nvt、npt和md各阶段结束后，发现产生的gro文件的box逐渐变大（如图所示），蛋白用的是Amber 14SB力场，配体用的是GAFF力场，所用的mdp、itp、top文件见附件（蛋白的itp文件由于太大没能上传）。请教各位老师：
1.动力学过程中box为什么会逐渐增大? 2.我用pymol打开md.gro文件，发现蛋白质的二级结构基本全变成无规则卷曲，但是我实际实验并未检测到蛋白质这么剧烈的变化，请教各位老师，是否是我设置的mdp文件的问题以及如何改进？
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box.png
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box的变化（由小到大为nvt、npt和md）
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md.mdp
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npt.mdp
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nvt1.mdp
2.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 1
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em.mdp
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LI1.itp
24.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
配体的itp
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posre_LI1.itp
1.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
配体的限制性itp
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posre_Protein.itp
96.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
蛋白的限制性itp
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LI1.top
343 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0
配体的top
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topol.top
1.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
总top
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complex.gro
275.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 1
初始复合物的gro
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发表于 Post on 2024-12-2 11:23:53
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