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[GROMACS] gromacs跑RNA生成拓扑文件的时候,选择完力场amber99和水分子就报错

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新手求助:生成拓扑文件的时候,选择完力场amber99和水分子,就出现这个报错,呜呜。
Fatal error:
Atom P in residue G 2 was not found in rtp entry RG5 with 32 atoms
while sorting atoms.




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发表于 Post on 2024-12-4 16:59:45 | 只看该作者 Only view this author
暖身贴 发表于 2024-12-4 10:42
非常感谢指导,我是刚刚接触,能不能烦请您帮忙看一下我的pdb文件和力场rna.rtp文件,哪里不标准,哪里需 ...

pdb里第四列是残基名,pdb里出现的所有残基必须在rtp里都有对应的定义。

核苷酸的标准命名我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里讲了,应当符合标准命名


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-4 10:42:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-2 22:04
结构文件里的残基名不标准
仔细看力场目录下RNA.rtp里残基名叫什么

非常感谢指导,我是刚刚接触,能不能烦请您帮忙看一下我的pdb文件和力场rna.rtp文件,哪里不标准,哪里需要修改。


复制代码

7elr.clean1.pdb

76.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

dna.rtp

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发表于 Post on 2024-12-2 22:04:00 | 只看该作者 Only view this author
结构文件里的残基名不标准
仔细看力场目录下RNA.rtp里残基名叫什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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