求助离子周围水分钟配位数随x轴变化的统计

海棠依旧cdut

这篇文献把离子周围的水分子随距离的分布情况做了图。请问如何设置才能获得类似图中的数据（尤其是获得了膜孔口x=0出的离子周围的水配位数）

sobereva

海棠依旧cdut 发表于 2024-12-10 10:31
大佬好，我阅读了链接里面的内容，我也深深相信您的能力。我和老师也讨论过这个问题，但是目前老师也没有 ...

培训里讲的VMD tcl分析脚本的编写，无论你用什么程序跑动力学都适用，只要轨迹文件能被VMD载入就行，如gromacs、AMBER、NAMD、lammps、CHARMM、xtb、CP2K、VASP、ORCA等等等等。所以无论是什么程序的用户都应该学这些

另外，对你这种体系的动力学，本来用GROMACS就是明显更好的选择，速度快得多得多，用户数也多得多，没什么非要用lammps的理由。正好通过培训也能把gromacs学了

海棠依旧cdut

sobereva 发表于 2024-12-4 17:23
这种事都得自己写脚本分析（除非文中提到了专门的分析工具，否则这种非常专一性的分析>99%的概率都是作者自 ...

大佬好，我阅读了链接里面的内容，我也深深相信您的能力。我和老师也讨论过这个问题，但是目前老师也没有接触过模拟相关的东西，我也是初学者。而且模拟工具是lammps，我想问一下，gromacs的脚本也可以运用到lammps里面吗？课程里面的内容我作为lammps用户也能看懂吗

海棠依旧cdut

Real 发表于 2024-12-5 12:10
您好，可以给一下文献链接吗

https://doi.org/10.1021/acs.iecr.2c03252
《Electric Field-Driven Ultraefficient Li+/Mg2+ Separation through Graphyne Membrane》

Real

您好，可以给一下文献链接吗

sobereva

这种事都得自己写脚本分析（除非文中提到了专门的分析工具，否则这种非常专一性的分析>99%的概率都是作者自己写的脚本/程序分析的），诸如VMD tcl脚本，在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里有很详细讲授怎么写，给了几十个例子，举一反三就能很容易写出来。