捐赠本论坛 (Donate this site)
开启辅助访问 切换到宽版

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 关于簇模型优化时分子跑散成单个的原子问题
返回列表 Return 发新帖
Views: 1117|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 关于簇模型优化时分子跑散成单个的原子问题

[复制链接 Copy URL]
Jiangxue

13

帖子

0

威望

217

eV
积分
230

Level 3 能力者
跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
发表于 Post on 2024-12-4 15:50:12 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |正序浏览 |阅读模式 Reading model
老师好，我在做簇模型优化时，整个体系的跑散成一个一个的原子了，请问这是什么原因呢？
输入文件：
chk=modle1-epo-opt.chk
%nprocshared=48
%mem=50GB
# opt=(gdiis,cartesian) freq ub3lyp scrf=(smd,solvent=chlorobenzene) nosymm def2svp em=gd3bj scf=xqc

5 resid

-3 2
C               -1   38.34800000   61.53700000   34.63500000
H                0   37.43400000   61.92800000   35.08200000
C               -1   38.00900000   61.61400000   33.11800000
H                0   38.93000000   61.52200000   32.54300000
C               -1   37.04200000   60.53300000   32.69900000
H                0   36.16000000   60.50500000   33.33900000
H                0   36.55000000   60.73200000   31.74700000
H               -1   37.64400000   59.62400000   32.69200000
C               -1   37.31300000   62.97700000   32.73400000
H                0   37.69900000   63.77600000   33.36800000
H               -1   37.61500000   63.33200000   31.74900000
C               -1   35.82900000   63.15200000   32.86000000
H                0   35.62900000   64.22200000   32.92000000
H                0   35.23900000   62.71800000   32.05200000
H                0   35.37800000   62.75300000   33.76800000
O               -1   37.46700000   59.65900000   35.80400000
C               -1   20.40000000   57.01300000   32.20200000
H                0   19.35600000   56.82200000   31.95500000
C               -1   20.37400000   57.98000000   33.40600000
H                0   20.11400000   57.50900000   34.35400000
H                0   21.39100000   58.37100000   33.40500000
C               -1   19.36900000   59.14000000   33.29200000
H                0   19.34500000   59.49400000   32.26200000
H                0   18.38500000   58.75500000   33.56400000
C               -1   19.79400000   60.36100000   34.11600000
O               -1   20.79100000   61.06700000   33.76600000
O               -1   19.18300000   60.60000000   35.21000000
O               -1   22.11600000   57.78000000   30.74500000
S                0   33.29500000   51.24300000   31.91100000
N                0   30.85400000   53.01400000   33.32900000
C                0   30.30200000   53.78600000   32.34700000
C                0   28.93800000   53.29500000   31.98200000
C                0   28.09600000   53.74300000   30.82800000
H                0   27.62400000   52.87100000   30.37300000
H                0   28.80300000   54.13600000   30.09800000
C                0   26.99000000   54.72700000   31.24100000
H                0   27.52300000   55.57800000   31.66400000
H                0   26.45900000   54.23100000   32.05300000
C                0   26.04800000   55.06700000   30.12400000
O                0   26.13500000   56.20900000   29.66000000
O                0   25.29900000   54.15000000   29.70200000
C                0   28.61500000   52.40600000   32.95200000
C                0   27.34200000   51.60300000   33.04900000
H                0   26.71600000   52.25300000   33.66200000
H                0   26.82700000   51.38900000   32.11300000
H                0   27.48000000   50.64100000   33.54100000
C                0   29.85800000   52.14200000   33.66600000
C                0   30.06600000   51.01900000   34.44800000
H                0   29.19600000   50.37300000   34.56300000
C                0   31.24700000   50.66900000   35.09600000
N                0   32.34500000   51.42900000   35.02300000
C                0   31.32800000   49.68300000   36.13500000
C                0   30.20600000   48.83100000   36.73300000
H                0   30.56100000   48.43800000   37.68600000
H                0   29.32700000   49.47300000   36.80100000
H                0   29.91100000   48.03600000   36.04800000
C                0   32.58400000   49.63200000   36.56100000
C                0   33.19200000   48.72600000   37.57100000
H                0   33.39200000   48.99700000   38.59800000
C                0   33.60400000   47.54500000   37.15900000
H                0   33.48500000   47.20900000   36.14000000
H                0   33.98800000   46.84900000   37.89000000
C                0   33.20000000   50.88900000   35.99600000
C                0   34.55100000   51.24200000   36.14200000
H                0   35.14500000   50.82900000   36.95700000
C                0   35.23600000   52.30000000   35.54500000
N                0   34.72400000   53.02400000   34.46500000
C                0   36.63300000   52.71900000   35.70300000
C                0   37.53700000   52.41500000   36.86900000
H                0   37.12000000   52.41300000   37.87600000
H                0   38.21000000   51.58300000   36.65900000
H                0   38.27500000   53.21500000   36.82000000
C                0   37.00500000   53.65500000   34.70800000
C                0   38.21800000   54.53400000   34.62100000
H                0   38.34100000   55.53300000   35.01200000
C                0   39.26400000   53.91900000   34.04100000
H                0   39.16600000   53.03200000   33.43200000
H                0   40.20200000   54.43700000   33.90900000
C                0   35.71600000   53.81400000   33.99800000
C                0   35.60200000   54.81200000   33.02100000
H                0   36.43700000   55.27600000   32.49500000
C                0   34.33500000   55.22000000   32.58000000
N                0   33.16200000   54.51600000   32.57300000
C                0   34.24000000   56.32300000   31.70000000
C                0   32.97900000   56.32800000   31.17900000
C                0   32.25900000   55.21600000   31.84100000
C                0   30.97300000   54.79400000   31.71900000
H                0   30.32900000   55.33000000   31.02200000
C                0   32.38000000   57.22900000   30.06400000
H                0   32.91000000   58.18100000   30.03800000
H                0   31.39500000   57.46900000   30.46500000
C                0   32.25900000   56.69900000   28.68200000
H                0   31.39400000   56.03600000   28.67800000
H                0   33.17600000   56.14900000   28.46800000
C                0   32.09000000   57.71000000   27.62600000
O                0   31.15500000   58.50900000   27.68000000
O                0   32.89600000   57.65200000   26.68800000
O                0   32.43800000   54.10500000   35.01100000
C                0   30.67100000   58.59500000   35.02500000
C                0   31.82000000   58.11500000   34.44600000
C                0   32.92600000   58.90400000   34.10300000
C                0   32.85500000   60.24300000   34.45500000
C                0   31.73800000   60.77500000   35.16100000
C                0   30.62900000   59.95900000   35.40300000
C                0   29.79900000   57.50200000   35.23600000
H                0   33.81000000   58.43900000   33.67700000
H                0   33.61500000   60.98000000   34.21200000
H                0   31.70600000   61.81500000   35.47100000
H                0   29.72800000   60.32500000   35.88500000
H                0   32.36400000   56.14000000   33.83700000
N                0   31.71100000   56.77500000   34.27300000
C                0   30.46000000   56.33300000   34.80800000
H                0   30.15200000   55.30600000   34.66800000
C                0   28.38300000   57.55200000   35.68300000
H                0   28.23000000   56.56100000   36.12800000
H                0   28.19000000   58.27200000   36.48700000
N                0   27.49900000   57.82800000   34.50400000
H                0   27.82400000   58.36600000   33.71000000
C                0   26.20100000   57.37700000   34.32100000
S                0   25.42379726   57.74223760   32.98974231
S                0   25.41400000   56.82800000   35.83100000
C                0   23.65200000   56.97100000   35.40300000
H                0   23.45400000   56.23200000   34.61700000
H                0   23.10200000   56.77900000   36.33200000
H                0   23.43500000   57.97300000   35.01300000
Fe               0   32.78300000   53.02200000   33.86200000
C                0   31.83212404   51.00099824   30.92620099
H                0   31.09705707   51.73094528   31.19407010
H                0   32.07817751   51.10613636   29.89019729
H                0   31.44176866   50.02044012   31.10234993
N               -1   39.51577522   62.38454620   34.91583176
H                0   39.37832503   62.86507550   35.78197207
H                0   40.33467911   61.81393885   34.97750562
N               -1   21.10453634   55.75740087   32.49864688
H                0   20.69470671   55.32722380   33.30300212
H                0   21.02927555   55.13993154   31.71566065
C               -1   38.46200000   60.11900000   35.22100000
H                0   39.24500454   59.39159195   35.27278241
C               -1   20.91200000   57.57700000   30.80700000
H                0   20.48095775   57.80039616   29.85348192
C                0   35.39162379   57.31195943   31.44053537
H                0   35.87258711   57.55014207   32.36619368
H                0   36.10077287   56.86678189   30.77433379
H                0   35.00166522   58.20608821   31.00080132

起始结构和跑散结构图：

modle1-epo-opt.gjf (9.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)


回复 Reply

举报 Report

Jiangxue

13

帖子

0

威望

217

eV
积分
230

Level 3 能力者
5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 10:22:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-4 18:07
试试关掉gdiis和cartesian。个别结构优化算法会偶尔让结构往极其怪异的方向偏离

好的，谢谢
回复 Reply

举报 Report

wzkchem5

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)
4#
发表于 Post on 2024-12-4 18:07:10 | 只看该作者 Only view this author
试试关掉gdiis和cartesian。个别结构优化算法会偶尔让结构往极其怪异的方向偏离
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF（https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html）、ORCA（https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php）开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页：http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub：https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生，有意者可私信联系
回复 Reply

举报 Report

sobereva

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长
3#
发表于 Post on 2024-12-4 17:38:14 | 只看该作者 Only view this author
注意质子化态的选择。氯苯里没理由羧基都是去质子化的状态
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息，并避免错过网上有价值的计算化学文章！
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群（群号见此链接），合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog：http://sobereva.com（发布大量原创计算化学相关博文）
Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序）
Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
回复 Reply

举报 Report

pal

323

帖子

0

威望

1978

eV
积分
2301

Level 5 (御坂)
2#
发表于 Post on 2024-12-4 16:05:44 | 只看该作者 Only view this author
试试edit-rebond
回复 Reply

举报 Report

返回列表 Return 发新帖

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 06:21 , Processed in 0.168414 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list