求助分子动力学模拟力场设置问题

Yaocy · 发表于 Post on 2024-12-4 16:20:50

各位老师好，我在进行SiTrzCz2（分子结构见下图）这个分子的MD模拟，使用Sobtop产生了GAFF力场的itp文件，其中键长键角都使用mSeminario方法，二面角项使用了Sobtop的预置参数。

随后我跑了单分子的MD模拟验证一下力场的合理性，发现MD模拟的分子结构中咔唑和三嗪之间的二面角大约为六七十度，与DFT优化结构中十度左右的二面角不符。

随后我使用Gaussian扫描的二面角与势垒代替了Sobtop对这个二面角的预置参数，其余二面角项仍使用Sobtop预置参数，重新跑了单分子的MD模拟进行验证。发现此时咔唑与三嗪之间的二面角与DFT结构相符但是发现旁边的苯基硅基发生了不合理的弯折，如第三张图所示，力场文件附在文末。

求助各位老师DFT优化结构与MD结构之间的二面角差异是否在合理的范围内，如果不是的话我应该如何进一步修改力场文件，谢谢！

Yaocy · 发表于 Post on 2024-12-4 22:27:45

sobereva 发表于 2024-12-4 20:53
动力学过程中由于热运动而出现平面的弯折是很正常的事。可以做个能量极小化看弯折是否会消失，是的话更证明 ...

好的，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-12-4 20:53:19

动力学过程中由于热运动而出现平面的弯折是很正常的事。可以做个能量极小化看弯折是否会消失，是的话更证明没问题

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