关于模拟后氢键分析解读方法与文件使用原则提问

jilinstu

各位朋友们好，我使用GROMACS作氢键分析时候，xmp文件生成的氢键地图显示了较多的氢键，经过筛选在所有时间中存在频率大于99%的氢键有13个，如图1所示。
但是，我的ndx文件只显示了3个氢键，我想知道以哪个文件为准，此外如果要分析高频氢键对应的原子序号，我应该怎么做，因为xmp文件好像没有氢键序号对应的原子序号
[ hbonds_Protein-UNK ]   6822   6823   8616   6825   6826   8616   8616   8617   6746[color=rgba(0, 0, 0, 0.87)]
而且很重要的是，似乎xmp的氢键分析结果和ndx分析的不一样，找不到匹配的氢键

jilinstu

sobereva 发表于 2024-12-17 05:27
那叫xpm文件

都不知道你分析的是什么。倘若蛋白质和配体之间，不可能找到那么多氢键，通常蛋白质-配体之 ...

抱歉，昨天思维有点混乱哈哈。我研究的是蛋白与配体分子。今天我重新选择了分组，xpm确实只生成了与ndx索引匹配的三个氢键，但是，奇怪的是，使用gmx xpm2ps -f hbond_map.xpm -o hbond_map.ps生成频率图，并使用ghostscript10.04显示该图发现，依旧显示密密麻麻的频率线,跟我发的图一类似（可以看出来变化了，不至于是误用原始xpm）

sobereva

那叫xpm文件

都不知道你分析的是什么。倘若蛋白质和配体之间，不可能找到那么多氢键，通常蛋白质-配体之间只有个位数氢键，肯定是操作或者组的定义/选取有问题

ndx文件里的信息和图是对应的，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里给了例子：