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[ORCA] 使用ORCA的ESD模块做苯的吸收光谱出现的错误求教

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本帖最后由 yzh 于 2024-12-24 11:10 编辑

使用 ESD 模块计算 UV 光谱时,输出文件 (benzen_abs.out) 中出现错误:[file orca_esd/orca_esd.cpp, line 9605]: Error (ORCA_ESD): Assigned GSHESSIAN file does not exist!
当我计算吸收光谱时,我把所有三个文件(benzen_abs.inp,benzen-GS.hess,benzen-EShess )都放在同一个文件夹中。

我不知道如何将 hessin 信息输入到 .inp 文件中,手册(https://orca-manual.mpi-muelheim.mpg.de ...l/esd.html) 中没有提到如何输入GSHESSIAN 和 ESHESSIAN 信息。

我的 输入文件(benzen_abs.inp) :其中 benzne-GS.xyz( 结构来自基态的opt freq 后提取的结构)
!B3LYP DEF2-SVP TIGHTSCF ESD(ABS) PAL6
%TDDFT
  NROOTS     5
  IROOT      1
END
%ESD
  GSHESSIAN  "benzen-GS.hess"
  ESHESSIAN  "benzen-ES.hess"
  DOHT       TRUE
END


%maxcore 1000
* xyz   0   1
C          -0.13456829597096      0.03427504356897      0.00179484386351
C           1.26455229351248      0.03422548076937      0.00224320063378
C           1.96417627517657      1.24580805672316      0.00168684708389
C           1.26462773130614      2.45754533115416      0.00069095318174
C          -0.13440971028438      2.45759477048337      0.00024648145412
C          -0.83407182300476      1.24593786116750      0.00079681373888
H          -0.68132002124074     -0.91281713496716      0.00222397062202
H           1.81117229877085     -0.91294727214025      0.00302655743186
H           3.05776206086396      1.24585157773428      0.00203279773178
H           1.81156631361100      3.40453683305250      0.00025840005185
H          -0.68122484226545      3.40465710209633     -0.00053711371556
H          -1.92765420047470      1.24607283035778      0.00044956792215

*
请教老师该如何处理这个问题?谢谢!

benzen_abs.inp

1.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

benzen_abs.out

68.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

benzen-ES.hess

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benzen-GS.hess

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 19:14:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-25 17:21
手册里的这个图应该是用ORCA 5.0跑的,从ORCA 5.0到6.0程序有若干改动(例如COSX格点改了),会导致结果 ...

谢谢老师,我的作图采用的数据应该没有问题吧?但是我感觉6.0.1的abs吸收光谱还不如5.0版本的,因为我计算的abs光谱和实验exp还是差异较大的,手册给的abs的光谱和exp吻合的比较好,这是什么原因呢?谢谢

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发表于 Post on 2024-12-25 17:21:57 | 只看该作者 Only view this author
yzh 发表于 2024-12-25 05:24
老师您好
我计算的苯的吸收光谱横坐标是Energy,纵坐标是Totalspectrum(归一化)得到的图(图1),和手 ...

手册里的这个图应该是用ORCA 5.0跑的,从ORCA 5.0到6.0程序有若干改动(例如COSX格点改了),会导致结果不严格可比
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 12:24:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yzh 于 2024-12-25 12:42 编辑
wzkchem5 发表于 2024-12-25 00:39
那得看这个小程序是如何提交的
简单来说,要求在提交orca的时候,被提交到orca的inp文件和hess文件在同 ...

老师您好
我计算的苯的吸收光谱横坐标是Energy,纵坐标是Totalspectrum(归一化)得到的图(图1),和手册上的FULL AH的光谱核对了一下(图2),我计算的吸收图和手册的吸收图对不上,差异很大。请问这是我计算的问题么?计算数据结果详见benzen_abs.spectrum 和benzen_abs.spectrum.xlsx
谢谢!

图1.png (20.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

图1

图1

图2.png (104.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

图2

图2

benzen_abs.spectrum

429.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

orca计算结果

benzen_abs.spectrum.xlsx

642.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

作图数据

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 10:54:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-25 00:39
那得看这个小程序是如何提交的
简单来说,要求在提交orca的时候,被提交到orca的inp文件和hess文件在同 ...

多谢老师,就是小程序的问题,直接在目录下运行没有问题,谢谢,计算成功结束了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 08:52:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-25 00:39
那得看这个小程序是如何提交的
简单来说,要求在提交orca的时候,被提交到orca的inp文件和hess文件在同 ...

谢谢老师,用的atomistica_1_10.exe,就是这个软件,应该是直接拷贝过去的,那我自己提交看看,不用这个小程序。

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发表于 Post on 2024-12-25 00:39:40 | 只看该作者 Only view this author
yzh 发表于 2024-12-24 15:36
老师,您好,没有采用脚本提交,有个小程序可以直接提交inp文件进行计算(inp和GShessin和EShessin文件都 ...

那得看这个小程序是如何提交的
简单来说,要求在提交orca的时候,被提交到orca的inp文件和hess文件在同一个文件夹。
所以对于你的情况,如果这个小程序是不经复制直接把inp提交给orca,那orca就可以自动载入hess的数据;如果这个小程序是把inp文件拷到另一个文件夹(但没拷hess文件),提交orca,算完了再把输出文件拷回来,那就不能
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-24 22:36:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-24 16:54
你是如何提交orca计算的,是用脚本提交的吗?
如果是的话,这个脚本是不是把输入文件拷到另外一个文件夹( ...

老师,您好,没有采用脚本提交,有个小程序可以直接提交inp文件进行计算(inp和GShessin和EShessin文件都是在同一个文件目录下的)。
就是想咨询一下,提交inp文件时,GShessin和EShessin是否要和inp文件放在同一个文件目录下的话,提交inp文件计算,程序会自动载入GShessin和EShessin的数据?谢谢

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发表于 Post on 2024-12-24 16:54:54 | 只看该作者 Only view this author
你是如何提交orca计算的,是用脚本提交的吗?
如果是的话,这个脚本是不是把输入文件拷到另外一个文件夹(比如临时文件夹),算完了再把结果拷回来?
如果是的话,是不是这个脚本没有把你的.hess文件一并拷过去?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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