计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 629|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] GAUSSIAN运行错误l1.exe omode 33279 compare 7.

[复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

39

eV
积分
41

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
安装Gassian 09计算出现如下错误,求各位高手参考参考,不胜感激!
系统的错误信息如下:
--------------------------------------------- System error information ---------------------------------------------------------------
Problem with file /home/kou/g09/l1.exe omode 33279 compare 7.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 00007fffeada3310, rcx 000014d36859e3db
   rdx 0000000000000000, rsp 00007fffead97508, rbp 00000000000003e8
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000002011, r8  0000000000000000
   r9  0000000000000000, r10 00000000004016c4, r11 0000000000000202
   r12 00007fffeada3f58, r13 00007fffeada3310, r14 00007fffeada3f58
   r15 00007fffead9f670
  --- traceback not available
已放弃 (核心已转储)
-------------------------------------------- System error information ----------------------------------------------------------------




然后gaussian的输出文件如下:
-------------------------------------- Gaussian output error information --------------------------------------
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
-------------------------------------- Gaussian output error information --------------------------------------



初始的gaussian输入文件如下:
-------------------------------------- Gaussian input file --------------------------------------
%chk=DAP.chk
%mem=32GB
%NPROC=32
# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity

DAP

0 1
C                 -9.82270000    5.61370000    0.18860000
C                 -9.11580000    4.43460000   -0.17490000
C                 -7.75260000    4.46170000   -0.35540000
C                 -7.02100000    5.67930000   -0.17980000
C                 -7.73780000    6.87480000    0.19100000
C                 -9.15630000    6.80340000    0.36790000
N                 -7.09540000    8.06030000    0.37370000
C                 -5.75500000    8.06740000    0.19100000
C                 -5.03530000    6.86700000   -0.18390000
N                 -5.67290000    5.68760000   -0.36430000
C                 -3.61220000    6.93730000   -0.35020000
C                 -2.93060000    8.12380000   -0.16180000
C                 -3.65570000    9.33290000    0.16250000
C                 -5.02290000    9.29010000    0.35410000
N                 -2.93520000   10.52990000    0.33580000
N                 -1.53570000    8.19650000   -0.33810000
H                -10.90070000    5.56540000    0.32430000
H                 -9.66710000    3.50680000   -0.31010000
H                 -7.21460000    3.55860000   -0.63480000
H                 -9.69970000    7.70350000    0.64640000
H                 -3.06340000    6.03620000   -0.61170000
H                 -5.55940000   10.19860000    0.61530000
H                 -2.11920000   10.63330000   -0.25710000
H                 -3.51400000   11.36260000    0.35530000
H                 -1.07200000    7.29470000   -0.35590000
H                 -1.06020000    8.87120000    0.25080000
-------------------------------------- Gaussian input file --------------------------------------

查到到类似出错http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ntable&tid=3554
尝试在root下修改g09文件权限,但是不成功,想问问大家出错的原因是g09文件权限未修改成功,还是另有原因;如果是该原因,该如何成功修改g09文件权限

root@SYS-740GP-TNRT:/home/kou# chmod -R 750 g09
root@SYS-740GP-TNRT:/home/kou# ls -l
总用量 627792
drwxrwxrwx 1 root root         0 12月 18  2023 公共的
drwxrwxrwx 1 root root         0 12月 12  2023 模板
drwxrwxrwx 1 root root         0 12月 12  2023 视频
drwxrwxrwx 1 root root         0 12月 12  2023 图片
drwxrwxrwx 1 root root         0 12月 17  2023 文档
drwxrwxrwx 1 root root      4096 12月 25 11:09 下载
drwxrwxrwx 1 root root         0 12月 12  2023 音乐
drwxrwxrwx 1 root root      4096 12月 23 14:41 桌面
drwxrwxrwx 1 root root      4096 12月 12  2023 anaconda3
drwxrwxrwx 1 root root     28672 12月 23 16:45 g09
-rwxrwxrwx 1 root root 589744294 12月 23 15:51 G09_D01.tgz
drwxrwxrwx 1 root root         0 12月 23 17:06 GAUSSIAN
drwxrwxrwx 1 root root         0 12月 23 15:53 gv5.0.9-x86_64
-rwxrwxrwx 1 root root  53067594 12月 23 15:39 gv5.0.9-x86_64.tar.gz
drwxrwxrwx 1 root root         0 12月 24  2023 snap
drwxrwxrwx 1 root root      4096 9月  27 19:32 software
root@SYS-740GP-TNRT:/home/kou#


2

帖子

0

威望

39

eV
积分
41

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-26 14:42:07 | 只看该作者 Only view this author
开始安装目录是/home/kou/g09/,运行chmod 750 -R *命令,g09文件没有修改成功,后经过排查我的理解是这样的:我的电脑/home主目录所在磁盘是NTFS,运行chmod命令无法修改g09文件权限为750,所以把安装目录改成了非主目录后顺利修改了g09文件权限,GAUSSIAN可以正常使用。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124703

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-12-25 11:41:37 | 只看该作者 Only view this author
权限没改成功,严格按下文操作
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 17:41 , Processed in 0.256677 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list