使用gmx cluster命令对蛋白团簇分析及在虚拟筛选用途中的相关问题

葱葱cong

打扰一下各位老师，小白最近在做虚拟筛选，想通过MD从轨迹中提取10个差异较大的蛋白构象分别进行分子对接，先跑了100ns的蛋白配体复合物结构。下面分别是轨迹中蛋白、配体、配体周围5埃范围内氨基酸残基的RMSD曲线。由于10ns左右体系达到平衡，使用gmx cluster -f md_nowat.xtc -s md_nowat.gro -cutoff 0.3 -b 10000 -wcl 10 -method gromos -sz，依次选择system、system后得到60个簇，这里是clust-size文件 clust-size .xvg (1.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

2024-12-27 18:09 上传 Uploaded

点击下载
Click to download
60个簇文件

。有几个问题想请教一下各位老师：

1、通过gmx cluster命令提取代表性蛋白结构适用后续做分子对接筛选这种情况吗？
2、我最终只想提取10个蛋白结构，但是通过修改-cutoff参数大小，无法达到理想的簇数目，且cutoff=0.3得到的60个簇中靠后的簇包含的帧太少，这种情况是提取帧数排名前十的簇中的代表性结构合理，还是继续增加cutoff数值缩小簇数目合理？
3、由于分子对接只考虑口袋盒子内氨基酸残基的情况，能否使用gmx cluster命令只将配体周围5埃范围内的氨基酸残基least squares fit并计算RMSD，然后输出system，是否比计算整个体系的RMSD更加合理？