溶剂化操作后移除部分水分子出现与top文件不一致情况和能量最小化总势能之差达到0.001

gromacs11

老师们好，我用gromacs复现别人的文献时，对其中描述的几个点存在疑惑，还请老师解答。“拟过程中，蛋白质起始结构浸入TIP3P 水分子立方体箱，并且距盒子的边缘至少为 1.0nm 的范围，所有与蛋白质的氧原子距离小于 2.6 Á 的水分子都被移除。采用 steepest descent 方法最小化系统的能量，直至分子系统能量不断最小化，其总势能之差达到 0.001kJ/mol 以下。”这里移除水分子后如何进行能量最小化，会出现top文件与gro文件不匹配情况，还有如何实现总势能之差达到0.001kJ/mol 以下，这两步的作用是什么？以上是我存在的疑惑，谢谢！

student0618

问问题时应该提供你“用过但失败”的具体操作，不然没办法找到问题出在哪。

gromacs11

student0618 发表于 2024-12-31 00:53
2我看错了抱歉，那应该是指em后gmx energy提取的potential energy变动趋近于0.01
1 top文件末端是各分子数 ...

老师你好，再次打扰，请问这两步具体如何处理，我按照您的提示尝试了，还是删除了不所有与蛋白质的氧原子距离小于2.6埃的水分子，那个势能之差达到0.001kJ/mol也不太明白。谢谢

student0618

2我看错了抱歉，那应该是指em后gmx energy提取的potential energy变动趋近于0.01
1 top文件末端是各分子数，moleculetype一样的话不指定某一个水。
这步不一定要做，看特定体系需要，大概就为了确保新加的水不会太接近蛋白。

删不完整的话要给你用了什麽方法。用vmd删的话语句用例如resname SOL and same residue as (within 2.6 of xxx)能完整删掉的。

gromacs11

student0618 发表于 2024-12-30 12:46
1. 改top文件的水分子数。
2. 那是em的设定，不过通常用gmx 预设参数就行。

老师你好，第一个top文件是把对应的水分子删去吗？第二个怎么通过em设定，查阅相关参数设定似乎没有关于这个方面的?还有我想问问这两步的意义是什么？在删除水分子时，用软件指令删除并不完整，通常有个别的水分子会删除部分原子，这又如何解决？谢谢

student0618

1. 改top文件的水分子数。
2. 那是em的设定，不过通常用gmx 预设参数就行。