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[并行运算] slurm24中mpirun 如何设置多核计算

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本帖最后由 naxiangzi 于 2025-1-10 22:46 编辑

环境centos8.5, hwloc,libevent,pmix,ucx,openmpi.
其中
pmix
  1. wget https://github.com/openpmix/openpmix/releases/download/v5.0.3/pmix-5.0.3.tar.bz2
  2. tar -xaf pmix-5.0.3.tar.bz2
  3. cd pmix-5.0.3
  4. ./configure
复制代码
openmpi
  1. wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v5.0/openmpi-5.0.6.tar.bz2
  2. tar -xaf openmpi-5.0.6.tar.bz2
  3. cd openmpi-5.0.6
  4. ./configure --with-hwloc --with-libevent --with-pmix
复制代码

slurm

  1. cd slurm-24.05.4
  2. # 这里要注意,如果安装了pmix库,这里一定要写上 --with-pmix否则构建时是不会编译pmix库的
  3. # --enable-pam 开启pam
  4. ./configure --with-pmix --enable-pam
复制代码
slurm 编译加了 pmix ,这样加对嘛,是否还要加 openmpi 参数,要怎么加。
使用
  1. nohup mpirun -np 74 lmp -in din.csh &
复制代码
top如下,是否是启用多核运行,因输出日志有 1 by 1 by 1 MPI processor grid,判断只使用1核,运行总体时间的确慢。请问如果没有开启,要怎么配置参数,谢谢




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-11 15:05:42 | 只看该作者 Only view this author
Santz 发表于 2025-1-11 14:15
slurm 编译时的 pmix 带具体的路径,可以同时带多个版本的 pmix 编译,完成之后的验证 srun --mpi=list. 另 ...
  1. srun --mpi=list
  2. MPI plugin types are...
  3.         none
  4.         cray_shasta
  5.         pmi2
  6.         pmix
  7. specific pmix plugin versions available: pmix_v5
复制代码

我的cpu是intel
我的slurm.conf 配置 MpiDefault=pmix, 是不是设置不合理,应该设置 mpi2,还是什么
看了您给的文章 ,对 mpi,pmix 很晕,

还有 编译 openmpi
  1. wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v5.0/openmpi-5.0.6.tar.bz2
  2. tar -xaf openmpi-5.0.6.tar.bz2
  3. cd openmpi-5.0.6
  4. ./configure --with-hwloc --with-libevent --with-pmix
复制代码

参数是否要改为
./configure --with-hwloc --with-libevent --with-pmi2,还是多加一个变成
./configure --with-hwloc --with-libevent --with-pmix --with-pmix --with-pmi2

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发表于 Post on 2025-1-11 14:15:19 | 只看该作者 Only view this author
slurm 编译时的 pmix 带具体的路径,可以同时带多个版本的 pmix 编译,完成之后的验证 srun --mpi=list. 另外建议开启 lua 支持,方便之后开启 job submit 插件。另外 pmix 5.0.3 版本略高,建议居中适配,部分 openmpi 版本不一定支持;还建议你编译一个 使用 pmi2 的openmpi

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