求助关于通过过渡态理论判断反应快慢的问题

pxc12310

想请问下各位老师

1.研究通过水合质子进行质子转移，在优化、过渡态搜索、构象搜索、自由能计算时都是把A分子和一个水合质子当做一个整体来计算，这样的处理是否合理呢？能否将该体系看做一个单分子反应，即分子内的质子转移？目前优化用的计算级别是b3lyp(d3)/6-31g**，单点能计算的级别是RI-wB97M-V/def2-TZVP

2.如果研究酸分子直接去质子化A分子，而不是以水合质子的形式，即sob老师《谈谈质子转移、氢原子转移、氢负离子转移的关系》http://sobereva.com/626中“A-H + :B → (A)- + (H-B)+"的形式，此时是否还可以将A-H和B看做一个整体来计算质子化的自由能垒和反应速率？此时体系中由于出现 (A)- ，我是否在进行上述相关任务时尤其是单点能计算时得带上重原子的弥散？