进行pull处理时提示distance与box size不合理报错

zhangfaxue

进行拉伸过程中，提示如下错误：

然后尝试将盒子z方向扩大到20nm，在进行pull，错误一样：

查看前面的warning发现：

但是group1 2 相隔距离可视化所示并没有那么远（盒子尺寸5 5 20）：

mdp设置如下：

请问：
1、pull时计算两个分子距离是怎么计算的，提示的6.525nm怎么获得的？质心距离吗？（我的大分子大概最长边2.8nm）
2、出现上述错误可能是哪些原因？该怎么处理？

zhangfaxue

FrancisCho 发表于 2025-1-18 08:48
1、6.525nm应该是您当前模拟状态下两个组的质心的距离（我翻看了一下我自己模拟中的nohup.out中初始distanc ...

谢谢指导，确实是质心的距离，我再检查一下

FrancisCho

1、6.525nm应该是您当前模拟状态下两个组的质心的距离（我翻看了一下我自己模拟中的nohup.out中初始distance是0.06nm，和用gmx distance给出的值很接近）
2、一般GMX中SMD的拖动长度不应超过该方向上盒子尺寸的一半，如要超过，则应使用pull_coord1_geometry    = direction-periodic、pull_coord1_vec         = 0.0 0.0 -1.0以及pull-pbc-ref-prev-step-com        = yes，在这种情况下不能进行NPT，但不会报错（我做US就是这样设置的）