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[VMD] 动力学轨迹用pbc wrap -all命令后仍然有部分原子远离盒子

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请问下各位老师同学,我对一段动力学轨迹用pbc wrap -all -compound fragment后,仍然有几个原子出现在盒子外面。这种情况该怎么让这些原子回到盒子呢

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发表于 Post on 2025-1-30 15:23:10 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2025-1-30 00:06
sob老师我第一帧里溶质分子和水分子连接都是正常的,轨迹大部分帧也都是正常的。由于体系中存在水分子之 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-30 00:06:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-29 16:41
VMD根据载入的最初结构判断连接关系,并由此确定各个fragment。倘若第一帧的结构分子就不是完整的,按照fra ...

sob老师我第一帧里溶质分子和水分子连接都是正常的,轨迹大部分帧也都是正常的。由于体系中存在水分子之间的质子传递,所以只有个别帧出现氢原子或者氧原子远离盒子的情况(比如上传的图片)。请问可以单独对这些帧进行调整吗

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发表于 Post on 2025-1-29 16:41:42 | 只看该作者 Only view this author
VMD根据载入的最初结构判断连接关系,并由此确定各个fragment。倘若第一帧的结构分子就不是完整的,按照fragment保留完整自然就会这样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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