求助slipids膜参数与merz离子参数在gromacs里的联合使用时拓扑文件的书写

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-2-12 10:22:53

本帖最后由 NEW12138 于 2025-2-12 10:22 编辑

求助slipids膜参数与merz离子参数在gromacs里的联合使用时拓扑文件的书写：
想模拟梯度盐溶液环境的膜性质
请问在这样的情况下可以直接把merz离子参数算得sigma/epsilon后复制到slipids的ffnonbonded.itp文件里，然后修改ions.itp吗。开始想的是用修改gromacs下amberff94的ffnonbonded.itp文件，include它的forcefield.itp和ions.itp，后面发现好像不用这么麻烦，全都用slipids的参数就好了。不知道这样可不可行。topol.top和slipids的ffnonbonded.itp，ions.itp文件的修改情况如下所示，参数来自JCTC, 2015, 11, 1645。

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-2-12 14:51:54

sobereva 发表于 2025-2-12 12:20
可以。本来slipid的ffnonbonded.itp里就有Na的定义

好滴，谢谢sob老师的回答，我把slipids的ffnonbonded.itp里的Na的参数换成了merz的

sobereva · 发表于 Post on 2025-2-12 12:20:36

可以。本来slipid的ffnonbonded.itp里就有Na的定义

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