请教关于Martini3中珠子尺寸选择的问题

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-3-21 18:27:09

本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-3-21 18:39 编辑

之前我在论坛上也提出了一些关于这个主题的问题：http://bbs.keinsci.com/thread-52004-1-1.html，
其中主要讨论了密度和RDF不匹配的问题

之后进行了一些验证，发现在直链聚合物上，尽可能的取大尺寸的Martini珠子能更好的还原AA模型中的溶剂可及表面积（SASA）
列如对于PTMG：

将其划分为：

这样的模型

上面的珠子划分会优于：

在相同的探针尺寸（0.191nm，取自文献[1]推荐）下，前者的SASA为与对应的AA模型的SASA的偏差为3.3%，后者为6.24%。

而如果将探针尺寸进一步缩小，根据我对SASA算法原理的理解，应该就能近似得到其vdw表面积
如果取探针尺寸为0.01nm，前者的vdw_surf=19.074，后者为15.7，与对应AA模型的vdw_surf偏差分别为4.69%和13.65%
因此我可以推断，第一个CG模型更适合PTMG

但更进一步的，对MDI：

的粗粒化过程中我发现，选择T珠子作为芳香环的粗粒化珠子获得的以下三种模型，其CG模型的SASA与AA模型的SASA都有7%的偏差：

model1:

,
model2:

,
model3:

而且其vdw_surf偏差也均在13%左右。进一步我用蒙特卡洛方法计算了model2，model3的的CG与AA模型的vdw体积，偏差达到了42%，
这明显会造成CG模型的密度会显著小于AA模型的密度

因此我想请教一下大家是否有发现这样的现象，该如何解决在Martini3 粗粒化框架下密度不匹配的问题

[1] SOUZA P C T, ALESSANDRI R, BARNOUD J, et. al.. Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics[J/OL]. Nature Methods, 2021, 18(4): 382-388. DOI:10.1038/s41592-021-01098-3.

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2025-10-31 16:52:42

jrfjrf123 发表于 2025-10-31 15:00
@Nakoooo

可以直接看Martini3 文献的SI：

感谢楼主

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-10-31 15:02:05

yuzc 发表于 2025-10-22 18:49
martini3还得迭代几版才能更普适。官方没测过的案例目前用martini2比较好，像苯就是SC5就完了。

确实，苯环用TC5会使得体系密度严重偏离，应该是没做好参数适配

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-10-31 15:00:51

本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-10-31 15:06 编辑

不想飞的猫头鹰发表于 2025-10-22 18:33
同问。想问下对于一个任意小分子进行martini2或3进行珠子映射并产生粗粒化的gro和拓扑文件有没有教程呀， ...

@Nakoooo

可以直接看Martini3 文献的SI：

41592_2021_1098_MOESM1_ESM.pdf (4.7 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)

里面”Supplementary Notes C“部分详细描述了应如何选择bead和相应的type，我是按照这个教程操作的

benchmark的方法也是SI里提供的

因为我做的不是传统生物体系，不能使用大部分基于生物体系开发的bead自动标记库，能参考的文献也

比较少，所以只能笨办法去一个个试了，不过后面我做性质测试时候发现效果还是不理想

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2025-10-23 13:30:54

student0618 发表于 2025-10-22 19:35
官网3个教程 https://cgmartini.nl/docs/tutorials/Martini3/tutorials.html

太感谢啦，mark一下学习学习

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-22 19:35:09

不想飞的猫头鹰发表于 2025-10-22 18:33
同问。想问下对于一个任意小分子进行martini2或3进行珠子映射并产生粗粒化的gro和拓扑文件有没有教程呀， ...

官网3个教程 https://cgmartini.nl/docs/tutorials/Martini3/tutorials.html

小分子库 https://mad.ibcp.fr
一些第三方工具，如很老的 https://github.com/tbereau/auto_martini (我8年前有试用过，现在不知能不能用了)

yuzc · 发表于 Post on 2025-10-22 18:49:38

martini3还得迭代几版才能更普适。官方没测过的案例目前用martini2比较好，像苯就是SC5就完了。

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2025-10-22 18:33:48

Nakoooo 发表于 2025-10-22 10:00
老师，映射选择使用珠子还需要自己手动选择吗？这段时间也一直在做，我还真没关心过这个问题，想问一下您是 ...

同问。想问下对于一个任意小分子进行martini2或3进行珠子映射并产生粗粒化的gro和拓扑文件有没有教程呀，十分感谢

Nakoooo · 发表于 Post on 2025-10-22 10:00:54

老师，映射选择使用珠子还需要自己手动选择吗？这段时间也一直在做，我还真没关心过这个问题，想问一下您是通过什么参考到的呢？

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-4-17 09:06:17

更新一下之前的研究，发现苯环使用T珠子的效果不如使用S珠子的效果：

这个模型的sasa也和全原子模型的最接近：

有理由相信，在Martini3力场映射选择中，苯环上使用S珠子在维持分子外形上更具有优势，
这个映射方案也是和Martini2 的映射方案类似

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[粗粒化/DPD] 请教关于Martini3中珠子尺寸选择的问题

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