gromacs电解液NPT模拟密度异常小

aipacino · 发表于 Post on 2025-3-21 21:07:15

各位老师好，
我在用gromacs做LiPF6和EC溶剂的电解液模拟时，做完能量最小化之后做NPT模拟，盒子变得异常大，密度接近于0了，请问是怎么回事
密度图是用的mdanalysis写的脚本算的

gyp · 发表于 Post on 2025-3-24 12:22:47

aipacino 发表于 2025-3-24 09:11
你好，这个我是按照sob老师的建议做的，不知道有没有理解错误：http://sobereva.com/soft/Sobtop/

没错，那应该像社长说的原子电荷设置有问题

aipacino · 发表于 Post on 2025-3-24 09:11:21

gyp 发表于 2025-3-23 21:22
LiPF6在溶液中是解离的，在建立盒子的时候应该把锂离子和PF6-分开，拓扑文件中也是。看你的模拟结果每个PF6 ...

你好，这个我是按照sob老师的建议做的，不知道有没有理解错误：http://sobereva.com/soft/Sobtop/

gyp · 发表于 Post on 2025-3-23 21:22:28

LiPF6在溶液中是解离的，在建立盒子的时候应该把锂离子和PF6-分开，拓扑文件中也是。看你的模拟结果每个PF6旁边都有个锂离子，是不是把LiPF6当成整体导入的

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-22 16:23:53

这种事大概率是力场/原子电荷有问题

PS：这mdp里很多注释都是错的，诸如“V-rescale:快速; Nose-Hoover:精确” 是误导描述。fourierspacing = 0.16完全多余

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